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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002606

染色体: Chr08 坐标: 25426881-25432891 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002606
名称SmilChr08G002606
描述uncharacterized SmilChr08G002606
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向25426881 - 25432891 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997244
GeneID130997244
locus_tag-
NCBI NameLOC130997244
原始查询SmilChr08G002606

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0330300; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os03g0330300; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT1G17360 (AT1G17360)
LOW protein: protein phosphatase 1 regulatory subunit-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838308]
identity=31.6; qcov=0.192; evalue=8.69e-23; confidence=weak
RiceOs03g0330300
-
identity=37.8; qcov=1.05; evalue=3.13e-178; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF30469 (CIP7_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997244

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057778487.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057778487.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057778487.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057778487.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778487.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:25428348 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr8:25429114 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr8:25429245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr8:25429379 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr8:25429404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B61
Chr8:25429440 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr8:25430062 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:25430074 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr8:25430501 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:25430999 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B6,C24,C3,C52
Chr8:25431031 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B78
Chr8:25431290 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778487.1
1088 aa
N
1
544
1088
CIP7_N
C
PF30469 CIP7_N 13-71 aa
XP_057778488.1
1088 aa
N
1
544
1088
CIP7_N
C
PF30469 CIP7_N 13-71 aa
XP_057778489.1
1088 aa
N
1
544
1088
CIP7_N
C
PF30469 CIP7_N 13-71 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778487.1 Pfam PF30469 CIP7_N Domain 13 71 5.8e-22 78.4 CIP7 N-terminal domain
XP_057778488.1 Pfam PF30469 CIP7_N Domain 13 71 5.8e-22 78.4 CIP7 N-terminal domain
XP_057778489.1 Pfam PF30469 CIP7_N Domain 13 71 5.8e-22 78.4 CIP7 N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922504.1
ATTAAAAAAATATTACGACGCATATGTGTTTTTGAATCTAAGCTATCTAGCGGTGTGGAGTTTCTCTTTCTTGCTTTTCTCTCTCTAACTCGAATAAGAAAAGGACTTGAACAGAAATCACTCTCTCTCTCTCTAGCTAAGCTCTTGCTTCACTTCCAGCAATGTGTAGCTTCTGATTATAGTGCTTCTGGCTTTACGCAATCACAATGGTGCAACAGATGGATTTCTCTGAGCAATTATTTCGCGATGGGTTGTTTGAG...
XM_057922506.1
ATTAAAAAAATATTACGACGCATATGTGTTTTTGAATCTAAGCTATCTAGCGGTGTGGAGTTTCTCTTTCTTGCTTTTCTCTCTCTAACTCGAATAAGAAAAGGACTTGAACAGAAATCACTCTCTCTCTCTCTAGCTAAGCTCTTGCTTCACTTCCAGCAATGTGTAGCTTCTGATTATAGTGCTTCTGGCTTTACGCAATCACAATGGTGCAACAGATGGATTTCTCTGAGCAATTATTTCGCGATGGGTTGTTTGAG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130997244
ATGGAAGCAGTAGTAGATGCCAACACTCCGGTGGATTACATTGAGTTTCGTATTTTTCCGAGCCAAAACAGATACGAGGCATGTGTATGCTATGAGAACAAAAAAGAGAAAGTCAAATCTGGACTTTTGGAGCATCTATTGCTGCATTCAGTTGACATCAAAGCTTTGCAATCAAAGGGATCTGATGACAAGTATAAACTTTACCCTCCGGAAAACTTGCATGACAACAAATGGTTTACAAAATCCACATTGATAAGGTT...
LOC130997244
ATGGAAGCAGTAGTAGATGCCAACACTCCGGTGGATTACATTGAGTTTCGTATTTTTCCGAGCCAAAACAGATACGAGGCATGTGTATGCTATGAGAACAAAAAAGAGAAAGTCAAATCTGGACTTTTGGAGCATCTATTGCTGCATTCAGTTGACATCAAAGCTTTGCAATCAAAGGGATCTGATGACAAGTATAAACTTTACCCTCCGGAAAACTTGCATGACAACAAATGGTTTACAAAATCCACATTGATAAGGTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057778487.1
MEAVVDANTPVDYIEFRIFPSQNRYEACVCYENKKEKVKSGLLEHLLLHSVDIKALQSKGSDDKYKLYPPENLHDNKWFTKSTLIRFLHIIGSEDILEVTNSLRNEISQLEEARRFHLSLYAKGREYQFQNGQSDDSCADDMGSTTEAEDSNASKNELLRAMDLRLNALREELTTAFDQAAGSRYSVGDLTDIEKFSRHLGSTDLSGSLGKHIELRHGAQADEISSITHFSKNDRLKPKERSNHTIKSVCSELPVIYGVS...
XP_057778488.1
MEAVVDANTPVDYIEFRIFPSQNRYEACVCYENKKEKVKSGLLEHLLLHSVDIKALQSKGSDDKYKLYPPENLHDNKWFTKSTLIRFLHIIGSEDILEVTNSLRNEISQLEEARRFHLSLYAKGREYQFQNGQSDDSCADDMGSTTEAEDSNASKNELLRAMDLRLNALREELTTAFDQAAGSRYSVGDLTDIEKFSRHLGSTDLSGSLGKHIELRHGAQADEISSITHFSKNDRLKPKERSNHTIKSVCSELPVIYGVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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