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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002607

染色体: Chr08 坐标: 25435501-25446042 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002607
名称SmilChr08G002607
描述uncharacterized SmilChr08G002607
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向25435501 - 25446042 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997245
GeneID130997245
locus_tag-
NCBI NameLOC130997245
原始查询SmilChr08G002607

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840233]; symbol=TPR9; hit=AT1G33400; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840233]; symbol=TPR9; hit=AT1G33400; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G33400 (TPR9)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840233]
identity=44.2; qcov=1.04; evalue=0; confidence=medium
RiceOs10g0506800 (OsSET39)
-
identity=41.1; qcov=1.03; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00856 (SET); PF13181 (TPR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997245

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057778490.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057778494.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057778490.1
4 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057778490.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778494.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:25435776 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr8:25435786 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr8:25435805 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,C4
Chr8:25435815 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B11,B6,C24,C26,C3,C52
Chr8:25438499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,B27
Chr8:25438538 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr8:25439070 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,A25,B37,C64,C66
Chr8:25441891 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 3 B39,B5,B87
Chr8:25441891 A ATT 2bp_insertion CDS_variant 3 B39,B5,B87
Chr8:25445637 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr8:25445888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778490.1
790 aa
N
1
395
790
TPR_8
SET
C
PF13181 TPR_8 140-163 aa PF00856 SET 224-510 aa
XP_057778491.1
785 aa
N
1
392
785
TPR_8
SET
C
PF13181 TPR_8 140-163 aa PF00856 SET 224-505 aa
XP_057778492.1
782 aa
N
1
391
782
TPR_8
SET
C
PF13181 TPR_8 140-163 aa PF00856 SET 224-510 aa
XP_057778493.1
776 aa
N
1
388
776
TPR_8
SET
C
PF13181 TPR_8 140-163 aa PF00856 SET 224-510 aa
XP_057778494.1
766 aa
N
1
383
766
SET
C
PF00856 SET 200-486 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778490.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 140 163 1.5e-06 28.6 Tetratricopeptide repeat
XP_057778490.1 Pfam PF00856 SET Family 224 510 9.4e-08 33.2 SET domain
XP_057778491.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 140 163 1.5e-06 28.6 Tetratricopeptide repeat
XP_057778491.1 Pfam PF00856 SET Family 224 505 8.8e-08 33.3 SET domain
XP_057778492.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 140 163 1.5e-06 28.6 Tetratricopeptide repeat
XP_057778492.1 Pfam PF00856 SET Family 224 510 9.2e-08 33.2 SET domain
XP_057778493.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 140 163 1.4e-06 28.7 Tetratricopeptide repeat
XP_057778493.1 Pfam PF00856 SET Family 224 510 9e-08 33.2 SET domain
XP_057778494.1 Pfam PF00856 SET Family 200 486 8.5e-08 33.3 SET domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922511.1
GGCCCCTCACTCTCTCTGTGACACTTCAGCAGCAATCAGCTCAAAGCTTCAAACCACTTGTCTCTCCAAAACCTATTCTTTTCCCGAGCATGGAGAAGCTGAAATCAGTGATCCCTGAAACCCTCAAGCAAAAAATCTCAGACAGCACCGCCGCGGACCTCAATTCTACATGCTCTTCTCTGCTCGATTACTTCAGAAATTTGCCCCTCTTTCACCAGTTGGTCAAGGATTTGACAGACCCGAAAGTATCGTTGTGCGGA...
XM_057922508.1
GGCCCCTCACTCTCTCTGTGACACTTCAGCAGCAATCAGCTCAAAGCTTCAAACCACTTGTCTCTCCAAAACCTATTCTTTTCCCGAGCATGGAGAAGCTGAAATCAGTGATCCCTGAAACCCTCAAGCAAAAAATCTCAGACAGCACCGCCGCGGACCTCAATTCTACATGCTCTTCTCTGCTCGATTACTTCAGAAATTTGCCCCTCTTTCACCAGTTGGTCAAGGATTTGACAGACCCGAAAGTATCGTTGTGCGGA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130997245
ATGGAGAAGCTGAAATCAGTGATCCCTGAAACCCTCAAGCAAAAAATCTCAGACAGCACCGCCGCGGACCTCAATTCTACATGCTCTTCTCTGCTCGATTACTTCAGAAATTTGCCCCTCTTTCACCAGTTGGTCAAGGATTTGACAGACCCGAAAGTATCGTTGTGCGGAAAGAATAAGGAAGCTGCGCTTGTAGCCAAGGCCAAAGGCAACCAATGCTTTTCTAATGGGGACTATTCCAATGCGCTGCATTTCTACTC...
LOC130997245
ATGGAGAAGCTGAAATCAGTGATCCCTGAAACCCTCAAGCAAAAAATCTCAGACAGCACCGCCGCGGACCTCAATTCTACATGCTCTTCTCTGCTCGATTACTTCAGAAATTTGCCCCTCTTTCACCAGTTGGTCAAGGATTTGACAGACCCGAAAGTATCGTTGTGCGGAAAGAATAAGGAAGCTGCGCTTGTAGCCAAGGCCAAAGGCAACCAATGCTTTTCTAATGGGGACTATTCCAATGCGCTGCATTTCTACTC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057778490.1
MEKLKSVIPETLKQKISDSTAADLNSTCSSLLDYFRNLPLFHQLVKDLTDPKVSLCGKNKEAALVAKAKGNQCFSNGDYSNALHFYSQALRSAPMDVEDNEKNLVATLYLNRASSLHKLGLFLESLQDCTHALIIFPVYAKIWFRRAKANSSLGNYEDAIKDFSVSLKLETSSSGKRQIESELNLLLGQSRLRSSATATELRHDCSTDEPLEMELQCVSTPRKGRGMISLANIPVASLVYKEDPHAAIILKHCRETHCAF...
XP_057778491.1
MEKLKSVIPETLKQKISDSTAADLNSTCSSLLDYFRNLPLFHQLVKDLTDPKVSLCGKNKEAALVAKAKGNQCFSNGDYSNALHFYSQALRSAPMDVEDNEKNLVATLYLNRASSLHKLGLFLESLQDCTHALIIFPVYAKIWFRRAKANSSLGNYEDAIKDFSVSLKLETSSSGKRQIESELNLLLGQSRLRSSATATELRHDCSTDEPLEMELQCVSTPRKGRGMISLANIPVASLVYKEDPHAAIILKHCRETHCAF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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