Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002619`

染色体: Chr08 坐标: 25547683-25549884 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002619`
名称	SmilChr08G002619
描述	pectinesterase 1-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	25547683 - 25549884 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997258`
GeneID	`130997258`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997258`
原始查询	`SmilChr08G002619`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pectinesterase 1-like
产物	pectinesterase 1-like
Arabidopsis	`AT1G69940` (PPME1) Pectin lyase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843331] identity=48.5; qcov=1.01; evalue=3.53e-125; confidence=high
Rice	`Os08g0206950` - identity=40.3; qcov=0.817; evalue=1.86e-76; confidence=medium
GO	GO:0030599 (pectinesterase activity); GO:0042545 (cell wall modification)
KEGG	smil00040 (Pentose and glucuronate interconversions - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01095 (Pectinesterase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997258

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.60000	`XP_057778503.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.40000	`XP_057778503.1`
3	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057778503.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778503.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778503.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:25547891`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B36,B94,C5,D11
`Chr8:25547896`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B81,C27,C35,C37,C46
`Chr8:25547907`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr8:25547908`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B27,B51,C21,C36
`Chr8:25547935`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B120,C41
`Chr8:25547959`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr8:25548015`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B36,B94,C5,D11
`Chr8:25548132`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B81,C35,C46
`Chr8:25548694`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr8:25548715`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:25548866`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C18
`Chr8:25548866`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778503.1

361 aa

180

361

Pectinesterase

PF01095 Pectinesterase 70-350 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778503.1`	Pfam	`PF01095`	Pectinesterase	Repeat	70	350	2.7e-67	227.3	Pectinesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922520.1
TCTAAACCACTACCACAAACCTAATTCTACAACTTTTATCCATCCCTTTCTTCTCTTCCTTTTCTCCTCTACCTCCAACACTTTTTCCTCCTAATATTTGCCCGTTTACATATACACACATACTTGAACACAGATTCCTTTCAAACATGCCATATTTGTTACTGCAAAAACAAGTAAAAATAAAAAATGTCGTATGTAGTCGCGGAAACACTCGTCGTGATCATCCTCTTTTCTCTGTCGATCGTTCGCTCCGACGACGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997258
ATGTCGTATGTAGTCGCGGAAACACTCGTCGTGATCATCCTCTTTTCTCTGTCGATCGTTCGCTCCGACGACGCACAGTTCACAATTCCTGCTGATAAGTCCCAATTAGGAAGTTGGTTTAGCAAGAACTTCGGCGAGGCCTCCGCCGTGAAGCCGACGGCGGCGAGCACGGGTGCAGGTGCAGGTCCTCCGAAGGTGATCAGGGTGGGCGGCGGTGGCGAATTCAAGACAGTGACAGAGGCCATAAAGAGCATCCCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778503.1
MSYVVAETLVVIILFSLSIVRSDDAQFTIPADKSQLGSWFSKNFGEASAVKPTAASTGAGAGPPKVIRVGGGGEFKTVTEAIKSIPTGNAQRIVVWIAAGNYTEKIVIPKDKPFITLYGDPMNMPVLVFDGTAAKYGTVDTATLTADSDHFMGVNLKVVNSAPRPDGKRVGAQAAAVRVGGDASVFYNCRFYGYQDTLFDYKGRHLFKDCYIEGTVDFIFGSGKSIYLNCEIHVIPGDQMAIIVANARHDEKEESGFIFV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器