Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002625

染色体: Chr08 坐标: 25624821-25630989 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002625
名称SmilChr08G002625
描述uncharacterized SmilChr08G002625
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向25624821 - 25630989 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997263
GeneID130997263
locus_tag-
NCBI NameLOC130997263
原始查询SmilChr08G002625

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim17/Tim22/Tim23 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835189]; symbol=AT5G51150; hit=AT5G51150; species=arabidopsis; confidence=high
产物Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim17/Tim22/Tim23 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835189]; symbol=AT5G51150; hit=AT5G51150; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G51150 (AT5G51150)
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim17/Tim22/Tim23 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835189]
identity=77.3; qcov=0.95; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0494900
-
identity=73.3; qcov=0.362; evalue=5.46e-90; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF02466 (Tim17); PF15982 (TMEM135_C_rich)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997263

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Peroxisome 过氧化物酶体 1.00000 XP_057778511.1
2 Peroxisome membrane 过氧化物酶体膜 0.80000 XP_057778511.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057778511.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778511.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778511.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:25625029 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr8:25625060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,B56
Chr8:25625213 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B28,C46,C81,D2
Chr8:25625217 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr8:25627182 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B88,C16,C53
Chr8:25627683 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr8:25627875 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B56,B96,C41
Chr8:25628490 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:25629098 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B45,C63,C67,D10
Chr8:25630454 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B88,C12,C4
Chr8:25630469 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778511.1
516 aa
N
1
258
516
Tim17
TMEM135_C_rich
C
PF02466 Tim17 66-158 aa PF15982 TMEM135_C_rich 287-415 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778511.1 Pfam PF02466 Tim17 Family 66 158 2.3e-12 47.9 Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family
XP_057778511.1 Pfam PF15982 TMEM135_C_rich Domain 287 415 2.6e-10 41.7 N-terminal cysteine-rich region of Transmembrane protein 135

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922528.1
ATAATCAATTCATCATTGTACATAAAATCGACCCAATATCAGAAATGGCCCGAGAATCCATGACGCCATTTGTAGTACAGTTGCATAAATTTATAATGAAATTAATGCACAAAAGAATTTAATAATTCCACATTTCCGCACGCAAATCAAAAACCAGAAAAAGCCGCAGGCCTAGATGCTGAAACCGCCCTATCCTGCACCAAAATGCGCACCTCCAAGCCGCCGCAGCAGCCCCCGCCGCCGCCCGATGCAGCGGAGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997263
ATGCGCACCTCCAAGCCGCCGCAGCAGCCCCCGCCGCCGCCCGATGCAGCGGAGCGCCGGCTGCGGGAGGCGGAGCAGCGCCTGAAGGAGGCCATCGAGGAGCTGCAGCGCCGCCAGCGGGGCCCGCCCGGTGACCTCCAGCCCCCATGCGATCACGCTGACGAGTCTTGCGTCGCGAATGCCGTCGGCAACCTGTGCCAGAGCTTCCTGCTCTCCTACGGGATTCGCGTCGGCATAGGGATCCTCCTCCGCGCCTTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778511.1
MRTSKPPQQPPPPPDAAERRLREAEQRLKEAIEELQRRQRGPPGDLQPPCDHADESCVANAVGNLCQSFLLSYGIRVGIGILLRAFKLARLKSYSSLLDIKQLVSEKDLIVREEACRIGLLFGGFTGSYHALRCLLRKMRKKETPVNAILAGAVSGLSILALDDSSRRRTLALYLLARLAQCAYNSAKSKNKFHLWGSHWNHGDTLLFAIACAQVMYSFVMRPESLPKSYQDFIQKTGPVAAPVYKAVRECCRGSPVDVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器