Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002638`

染色体: Chr08 坐标: 25822131-25822796 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002638`
名称	SmilChr08G002638
描述	oleosin L-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	25822131 - 25822796 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997280`
GeneID	`130997280`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997280`
原始查询	`SmilChr08G002638`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	oleosin L-like
产物	oleosin L-like
Arabidopsis	`AT5G51210` (OLEO3) oleosin3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835196] identity=63.7; qcov=0.796; evalue=2.25e-45; confidence=medium
Rice	`Os04g0546500` (OLE16) - identity=65.1; qcov=0.908; evalue=3.67e-51; confidence=high
GO	GO:0005576 (extracellular region); GO:0012511 (monolayer-surrounded lipid storage body); GO:0016020 (membrane); GO:0019915 (lipid storage); GO:0019953 (sexual reproduction)
KEGG	-
Pfam	PF01277 (Oleosin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997280

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.80000	`XP_057778530.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057778530.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.40000	`XP_057778530.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778530.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778530.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:25822425`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr8:25822500`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B26,B90,B92
`Chr8:25822608`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,C41,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778530.1

142 aa

142

Oleosin

PF01277 Oleosin 24-133 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778530.1`	Pfam	`PF01277`	Oleosin	Family	24	133	1e-46	158.1	Oleosin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922547.1
TCACCCAAGATTCAATTCTGAATTATGGCGGAACACTACGGTCAATACCAAGCCGGAAGACCTCAGCATCTGCAGCATCAGGCGCCGCGGAGCCACCAGATGGTGAAGGCCGCCACCGCTGTCACGGCCGGCGGCTCGCTCCTCGTGCTTTCCGGGCTCACCTTGGCCAGCACCGTCATCGCTCTCACCATCGCCACGCCGCTCCTCGTGATCTTCAGCCCGGTTCTGGTACCGGCCACCCTAGCCCTCTTCGTGCTCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997280
ATGGCGGAACACTACGGTCAATACCAAGCCGGAAGACCTCAGCATCTGCAGCATCAGGCGCCGCGGAGCCACCAGATGGTGAAGGCCGCCACCGCTGTCACGGCCGGCGGCTCGCTCCTCGTGCTTTCCGGGCTCACCTTGGCCAGCACCGTCATCGCTCTCACCATCGCCACGCCGCTCCTCGTGATCTTCAGCCCGGTTCTGGTACCGGCCACCCTAGCCCTCTTCGTGCTCGCCGGCGGCTTCCTCGCGTCCGGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778530.1
MAEHYGQYQAGRPQHLQHQAPRSHQMVKAATAVTAGGSLLVLSGLTLASTVIALTIATPLLVIFSPVLVPATLALFVLAGGFLASGGFGVAALSVLSWIYKYMTGKHPPGADQLDTARTKLASKARDMKDRVDHSVSSAQSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器