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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002647

染色体: Chr08 坐标: 25942399-25949027 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002647
名称SmilChr08G002647
描述ATP-dependent 6-phosphofructokinase 4, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向25942399 - 25949027 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997284
GeneID130997284
locus_tag-
NCBI NameLOC130997284
原始查询SmilChr08G002647

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ATP-dependent 6-phosphofructokinase 4, chloroplastic
产物ATP-dependent 6-phosphofructokinase 4%2C chloroplastic
ArabidopsisAT5G61580 (PFK4)
phosphofructokinase 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836279]
identity=72.9; qcov=0.944; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0191700 (OsPFK01)
-
identity=74.3; qcov=0.755; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003872 (6-phosphofructokinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006002 (fructose 6-phosphate metabolic process); GO:0006096 (glycolytic process)
KEGGsmil00010 (Glycolysis / Gluconeogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00030 (Pentose phosphate pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00051 (Fructose and mannose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00052 (Galactose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00365 (PFK)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997284

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057778533.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057778533.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778533.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778533.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778533.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:25942784 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,B60
Chr8:25945994 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B140,B28,C39
Chr8:25946578 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C6
Chr8:25946578 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 C6
Chr8:25946622 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 A6,C5,C56,C9
Chr8:25946622 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,C5,C56,C9
Chr8:25947388 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B57,B76,C8
Chr8:25947577 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B71,C80
Chr8:25947577 TC T 1bp_deletion CDS_variant 2 B71,C80
Chr8:25947619 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B40,B57,B60,B76,C8
Chr8:25948060 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr8:25948321 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778533.1
540 aa
N
1
270
540
PFK
C
PF00365 PFK 156-462 aa
XP_057778534.1
449 aa
N
1
224
449
PFK
C
PF00365 PFK 156-394 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778533.1 Pfam PF00365 PFK Domain 156 462 5.5e-61 207.1 Phosphofructokinase
XP_057778534.1 Pfam PF00365 PFK Domain 156 394 1.4e-57 195.9 Phosphofructokinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922550.1
AGTCAACTGTCAAGTTTGACATGAAGCTCGATTAAAAGCAGTTGCCACAACGGCAGCTCTCTGCTGTTTCTCATTGCAATGGATGCTTCTCTCACCTCCGCCTCTCCTTCTCATTCTCTCTCTAGAAATTCTCTTCCATCCACTTCCTTCAATGCGAAGAATATCACGTCAGCTGCTTCTCTCAGCTTCGCGAATTTCGTCTTCACCAAACAATTCTCTCTCAGAAGGCCGCTGAATTCGCGCCTAAACTGTCCGGTCCA...
XM_057922551.1
TGCCACAACGGCAGCTCTCTGCTGTTTCTCATTGCAATGGATGCTTCTCTCACCTCCGCCTCTCCTTCTCATTCTCTCTCTAGAAATTCTCTTCCATCCACTTCCTTCAATGCGAAGAATATCACGTCAGCTGCTTCTCTCAGCTTCGCGAATTTCGTCTTCACCAAACAATTCTCTCTCAGAAGGCCGCTGAATTCGCGCCTAAACTGTCCGGTCCAAGCACGAGCCTCGGAAGACGGCGGGATTAACGCTATCGAAGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130997284
ATGGATGCTTCTCTCACCTCCGCCTCTCCTTCTCATTCTCTCTCTAGAAATTCTCTTCCATCCACTTCCTTCAATGCGAAGAATATCACGTCAGCTGCTTCTCTCAGCTTCGCGAATTTCGTCTTCACCAAACAATTCTCTCTCAGAAGGCCGCTGAATTCGCGCCTAAACTGTCCGGTCCAAGCACGAGCCTCGGAAGACGGCGGGATTAACGCTATCGAAGCTCAGAGTGAAGATTTTATCCTCGAAGACGTCCCGCA...
LOC130997284
ATGGATGCTTCTCTCACCTCCGCCTCTCCTTCTCATTCTCTCTCTAGAAATTCTCTTCCATCCACTTCCTTCAATGCGAAGAATATCACGTCAGCTGCTTCTCTCAGCTTCGCGAATTTCGTCTTCACCAAACAATTCTCTCTCAGAAGGCCGCTGAATTCGCGCCTAAACTGTCCGGTCCAAGCACGAGCCTCGGAAGACGGCGGGATTAACGCTATCGAAGCTCAGAGTGAAGATTTTATCCTCGAAGACGTCCCGCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057778533.1
MDASLTSASPSHSLSRNSLPSTSFNAKNITSAASLSFANFVFTKQFSLRRPLNSRLNCPVQARASEDGGINAIEAQSEDFILEDVPHLTSFLPDLPMYTNPLKKTQAYAIVKKTFVSPEDVVALKVVVQKDSPRGVHFRRAGPREKVYFKSEEVRACIVTCGGLCPGINTVIREIVCGLNNMYGVEEILGIQGGYRGFYSKNTVTLTPKSVNDIHKRGGTFLQTSRGGHDTIKIVDNIQDRGINQVYIIGGDGTQKGAAA...
XP_057778534.1
MDASLTSASPSHSLSRNSLPSTSFNAKNITSAASLSFANFVFTKQFSLRRPLNSRLNCPVQARASEDGGINAIEAQSEDFILEDVPHLTSFLPDLPMYTNPLKKTQAYAIVKKTFVSPEDVVALKVVVQKDSPRGVHFRRAGPREKVYFKSEEVRACIVTCGGLCPGINTVIREIVCGLNNMYGVEEILGIQGGYRGFYSKNTVTLTPKSVNDIHKRGGTFLQTSRGGHDTIKIVDNIQDRGINQVYIIGGDGTQKGAAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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