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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002661

染色体: Chr08 坐标: 26084130-26086335 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002661
名称SmilChr08G002661
描述hexose carrier protein HEX6-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向26084130 - 26086335 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997297
GeneID130997297
locus_tag-
NCBI NameLOC130997297
原始查询SmilChr08G002661

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hexose carrier protein HEX6-like
产物hexose carrier protein HEX6-like
ArabidopsisAT4G02050 (STP7)
sugar transporter protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828154]
identity=55; qcov=0.949; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0268300 (B1008E06.22-2)
-
identity=58.8; qcov=0.949; evalue=0; confidence=high
GOGO:0015145 (monosaccharide transmembrane transporter activity); GO:0015749 (monosaccharide transmembrane transport); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997297

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057778549.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778549.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778549.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778549.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057778549.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:26084465 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:26084591 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C49
Chr8:26084591 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr8:26084600 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B61
Chr8:26084618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B56,B96
Chr8:26084689 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C87
Chr8:26084841 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B100,B49,B85
Chr8:26084882 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B88,C14,D10
Chr8:26084918 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:26085372 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr8:26085401 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C13,C39,C83,D6
Chr8:26085488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778549.1
511 aa
N
1
256
511
Sugar_tr
MFS_1
C
PF00083 Sugar_tr 26-486 aa PF07690 MFS_1 57-435 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778549.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 26 486 2.5e-118 396.6 Sugar (and other) transporter
XP_057778549.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 57 435 2.9e-25 89.6 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922566.1
CTACAATAAATAGGAGTATGGAACAGTAGGTAGAGGCCAACCCACCGATTCTTGCCTTGACTATTAAAAACAAGACAAACTCTTTGAGGTAGAGAAAAAAGAGACGAAGTGATGGCCGTGGGATTTGCCATTGCAAATGGAGGGAGCCAATACAATGGAAGAATTACATCATATTTGGTCTTATCTTGTCTTGTGGCTACCATGGGAGCTTTCATTTTTGGCTATGATATTGGAGTTTCAGGTGGTGTGACATCTATGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997297
ATGGCCGTGGGATTTGCCATTGCAAATGGAGGGAGCCAATACAATGGAAGAATTACATCATATTTGGTCTTATCTTGTCTTGTGGCTACCATGGGAGCTTTCATTTTTGGCTATGATATTGGAGTTTCAGGTGGTGTGACATCTATGGAGCCTTTCTTGGAGAAGTTCTTCCGAAAAATTTACAAGAGGATGAAAGAGGACACTAAGATTAGCAACTACTGCAAATTCGACAGCCAATTCTTGACACTATTCACATCTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778549.1
MAVGFAIANGGSQYNGRITSYLVLSCLVATMGAFIFGYDIGVSGGVTSMEPFLEKFFRKIYKRMKEDTKISNYCKFDSQFLTLFTSSLYLAGLVSSFCASFVTDTFGRKPSLLAGGVSFLAGAALNAAALNMYMLIIGRVLLGIGVGFTNQAVPLYLSEMSLPNHRGAISNGFQLSLGIGFFLANLVNYATEKIRGGWGWRISLGIVAIPAAILTVGALFLPDTPSSFIQRSNDHDKARAILRRIRGATDVETELDDLVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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