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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002667

染色体: Chr08 坐标: 26166313-26171052 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002667
名称SmilChr08G002667
描述heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向26166313 - 26171052 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997302
GeneID130997302
locus_tag-
NCBI NameLOC130997302
原始查询SmilChr08G002667

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q
产物heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q
ArabidopsisAT4G00830 (LIF2)
RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827998]
identity=65.6; qcov=0.945; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0250000 (RBS1)
-
identity=60.9; qcov=0.828; evalue=2.96e-150; confidence=high
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF00076 (RRM_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997302

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778556.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057778556.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057778556.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057778556.1
5 Nuclear body 核内小体 0.40000 XP_057778556.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:26168014 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr8:26168378 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,B95
Chr8:26168656 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr8:26168912 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr8:26170282 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778556.1
477 aa
N
1
238
477
RRM_1
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 100-170 aa PF00076 RRM_1 180-243 aa PF00076 RRM_1 276-344 aa
XP_057778557.1
477 aa
N
1
238
477
RRM_1
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 100-170 aa PF00076 RRM_1 180-243 aa PF00076 RRM_1 276-344 aa
XP_057778558.1
476 aa
N
1
238
476
RRM_1
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 100-170 aa PF00076 RRM_1 180-243 aa PF00076 RRM_1 276-344 aa
XP_057778560.1
476 aa
N
1
238
476
RRM_1
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 100-170 aa PF00076 RRM_1 180-243 aa PF00076 RRM_1 276-344 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778556.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 100 170 5.8e-52 174.2 RNA recognition motif
XP_057778556.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 180 243 5.8e-52 174.2 RNA recognition motif
XP_057778556.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 276 344 5.8e-52 174.2 RNA recognition motif
XP_057778557.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 100 170 5.8e-52 174.2 RNA recognition motif
XP_057778557.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 180 243 5.8e-52 174.2 RNA recognition motif
XP_057778557.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 276 344 5.8e-52 174.2 RNA recognition motif
XP_057778558.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 100 170 5.8e-52 174.2 RNA recognition motif
XP_057778558.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 180 243 5.8e-52 174.2 RNA recognition motif
XP_057778558.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 276 344 5.8e-52 174.2 RNA recognition motif
XP_057778560.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 100 170 5.8e-52 174.2 RNA recognition motif
XP_057778560.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 180 243 5.8e-52 174.2 RNA recognition motif
XP_057778560.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 276 344 5.8e-52 174.2 RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922574.1
GGTCAAAGGAAGAAGCTATATAGCAAAAAAGACATGGGTATCCCTATACGAGAAATGAAAATTACGGGGTGAAGAGGGCAAAGGCAGCAAATTAGGTCAGAATTGTGGAAGCCAAATAAAAGAGGGAGGAGGTGCCTCTTTCTCTCTCAGATTGTTTCGGATAGATCTCACACTCCACATAGAGAGAAAAGATTCTATTGGTGGAGTCAAGGCCTCAAATTGTGTTTATTGTGTGACAACACTTGAAACCTAAGAGAATC...
XM_057922577.1
GGTCAAAGGAAGAAGCTATATAGCAAAAAAGACATGGGTATCCCTATACGAGAAATGAAAATTACGGGGTGAAGAGGGCAAAGGCAGCAAATTAGGTCAGAATTGTGGAAGCCAAATAAAAGAGGGAGGAGGTGCCTCTTTCTCTCTCAGATTGTTTCGGATAGATCTCACACTCCACATAGAGAGAAAAGATTCTATTGGTGGAGTCAAGGCCTCAAATTGTGTTTATTGTGTGACAACACTTGAAACCTAAGAGAATC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130997302
ATGGCAGAGAATACTGAAGTTGAGGACCGTGTGGATCTTGATGATGATAACTACACTGAAGAAGATGATGAAGAACCCATGGAAGATGAAGGAGCTGGAGAAGGTGGTGAAGAAAATGAAGAAGAGCCTCAGGAGGATACAAAAAGTGAGGATGGTGAGAAAGGTCAATCTCCAGGAACAGATAAAAATGATATCTGCATTGGGGATATGGAAGATAAAGAGAATTCAGCATCTATTAACGAAGATGAGAAAGAGAAACA...
LOC130997302
ATGGCAGAGAATACTGAAGTTGAGGACCGTGTGGATCTTGATGATGATAACTACACTGAAGAAGATGATGAAGAACCCATGGAAGATGAAGGAGCTGGAGAAGGTGGTGAAGAAAATGAAGAAGAGCCTCAGGAGGATACAAAAAGTGAGGATGGTGAGAAAGGTCAATCTCCAGGAACAGATAAAAATGATATCTGCATTGGGGATATGGAAGATAAAGAGAATTCAGCATCTATTAACGAAGATGAGAAAGAGAAACA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057778556.1
MAENTEVEDRVDLDDDNYTEEDDEEPMEDEGAGEGGEENEEEPQEDTKSEDGEKGQSPGTDKNDICIGDMEDKENSASINEDEKEKHVELLDLPPHGSEVFIGGLSRDISEEDLRELCEPLGEIFEIRVMKNRDTGESKGFAFVAFRTKDEAQKAIEELHNKEFKGRTLRCSLSETKYRLFIGNVPKGWSEDDFRKIIESTGPGAETIELIKDPQNPGRNRGFAFVEYYNNACADYSRQKMAAASFKLDGNTPTVTWADP...
XP_057778557.1
MAENTEVEDRVDLDDDNYTEEDDEEPMEDEGAGEGGEENEEEPQEDTKSEDGEKGQSPGTDKNDICIGDMEDKENSASINEDEKEKHVELLDLPPHGSEVFIGGLSRDISEEDLRELCEPLGEIFEIRVMKNRDTGESKGFAFVAFRTKDEAQKAIEELHNKEFKGRTLRCSLSETKYRLFIGNVPKGWSEDDFRKIIESTGPGAETIELIKDPQNPGRNRGFAFVEYYNNACADYSRQKMAAASFKLDGNTPTVTWADP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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