Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002682`

染色体: Chr08 坐标: 26401090-26401677 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002682`
名称	SmilChr08G002682
描述	uncharacterized SmilChr08G002682
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	26401090 - 26401677 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998252`
GeneID	`130998252`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998252`
原始查询	`SmilChr08G002682`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0315200` - identity=36.1; qcov=0.795; evalue=2.1e-22; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03732 (PEG10_N-capsid); PF19259 (Ty3_capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998252

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057779667.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057779667.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057779667.1`
4	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057779667.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779667.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:26401093`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B124,B83,C45,C59
`Chr8:26401099`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	A19,B106,B126,B98,C26,C4,C72,C84
`Chr8:26401102`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,B40,B67,C21
`Chr8:26401108`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B109,B33
`Chr8:26401109`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,B40,B67,C21
`Chr8:26401111`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr8:26401115`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,C6
`Chr8:26401184`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,A7,B109,B89
`Chr8:26401193`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B46,B64,C47
`Chr8:26401201`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,C6
`Chr8:26401219`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B60,B85,C10,C52
`Chr8:26401226`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779667.1

195 aa

195

Ty3_capsid

PEG10_N-capsid

PF19259 Ty3_capsid 39-189 aa PF03732 PEG10_N-capsid 44-123 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779667.1`	Pfam	`PF19259`	Ty3_capsid	Domain	39	189	3.5e-07	30.6	Ty3 transposon capsid-like protein
`XP_057779667.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	44	123	4.7e-13	50.0	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923684.1
ATGGAAGATGCACCAAGAGGACGCGGTAGGGGAAGAGGACGTGGTCGCGGACGCGGCAGGGGATTCATCCCTGAGCAACCAATTCCACAAGTAGCACCGAATCGTATTGCTGAAGAAAAGTTTCGTAAGGAAAAACCTCCAATGTTTGATGGTCTGGGTGATCCCACAGACGCCGAGAAATGGGTCAGGGCAGTGGAGCGAATCTTCAGGTACATCCGTTGCGAAGATGAGGATAAAATACCTTGCGCAGCCTACCAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998252
ATGGAAGATGCACCAAGAGGACGCGGTAGGGGAAGAGGACGTGGTCGCGGACGCGGCAGGGGATTCATCCCTGAGCAACCAATTCCACAAGTAGCACCGAATCGTATTGCTGAAGAAAAGTTTCGTAAGGAAAAACCTCCAATGTTTGATGGTCTGGGTGATCCCACAGACGCCGAGAAATGGGTCAGGGCAGTGGAGCGAATCTTCAGGTACATCCGTTGCGAAGATGAGGATAAAATACCTTGCGCAGCCTACCAACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779667.1
MEDAPRGRGRGRGRGRGRGRGFIPEQPIPQVAPNRIAEEKFRKEKPPMFDGLGDPTDAEKWVRAVERIFRYIRCEDEDKIPCAAYQLVDEANFWWESVRLTMTEEQWENFSWEDFKNELYEKYIPGCYRQKKQNEFWNLKQRAGTVTEYDRAFNQLSRYAPLLVDTDEKRTEKFRNELRHEISISLASQGGLTYA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器