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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002691

染色体: Chr08 坐标: 26503716-26504773 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002691
名称SmilChr08G002691
描述calcium-binding protein KIC
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向26503716 - 26504773 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997323
GeneID130997323
locus_tag-
NCBI NameLOC130997323
原始查询SmilChr08G002691

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calcium-binding protein KIC
产物calcium-binding protein KIC
ArabidopsisAT2G46600 (AT2G46600)
Calcium-binding EF-hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819272]
identity=62.7; qcov=1.02; evalue=4.35e-53; confidence=high
RiceOs02g0122600
-
identity=54; qcov=0.911; evalue=1.45e-36; confidence=medium
GOGO:0005509 (calcium ion binding)
KEGG-
PfamPF13833 (EF-hand_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997323

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057778588.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057778588.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778588.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778588.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778588.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:26503894 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B10
Chr8:26503894 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B10
Chr8:26503981 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B35,B57,B61,D10,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778588.1
124 aa
N
1
62
124
EF-hand_8
C
PF13833 EF-hand_8 46-98 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778588.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 46 98 3.9e-15 56.0 EF-hand domain pair

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922605.1
ACAAATACATATAGTAAAACATAAGATTCGGACAAATCACATCACAGTAGTTTAGTAAATCGAACAATACTCATGACTCGCACGTCGGTCATATGTGACTGTGTGTAAAAATAATTAATGAGGTAAAAACATAGGACAAATAATAGCCCATATTATATGGTCCCAAAATAATGAGAGAGGAAGCTTCTTGGAAGGTACAGAAACAATAGAACAAATAAGCAATTCCTCATGAGTCACAAGTCATGATATACAGCAACCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997323
ATGGCTGCTTCGAATCCTATGAAAATGGAACAAAATTCCGAGTACGAAGACTTGTTGCCGGTGATGGTGGACAAGCTCGATGGCGACGCCTTCGTGGCGGAGCTGTGCGGCGGATTCCGGCTGCTGGCGGATCCGAGCAAGGGGCTGATCACGGCGGCGAGCTTGCAGAAGAATTGCGCGCTTCTAGGGTTGGAAGGGATGAGCAGAGACGACGCGGAGGCGATGGTGCAGGAAGGCGATCTCGACGGCGATGGAGCTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778588.1
MAASNPMKMEQNSEYEDLLPVMVDKLDGDAFVAELCGGFRLLADPSKGLITAASLQKNCALLGLEGMSRDDAEAMVQEGDLDGDGALNQTEFCILMVRLSPGMMEDAQTWLDKAIQGELHKSSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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