当前解析结果
SmilChr08G002691| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002691 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002691 |
| 描述 | calcium-binding protein KIC |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 26503716 - 26504773 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130997323 |
|---|---|
| GeneID | 130997323 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997323 |
| 原始查询 | SmilChr08G002691 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | calcium-binding protein KIC |
| 产物 | calcium-binding protein KIC |
| Arabidopsis | AT2G46600 (AT2G46600)Calcium-binding EF-hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819272] identity=62.7; qcov=1.02; evalue=4.35e-53; confidence=high |
| Rice | Os02g0122600- identity=54; qcov=0.911; evalue=1.45e-36; confidence=medium |
| GO | GO:0005509 (calcium ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13833 (EF-hand_8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997323 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057778588.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057778588.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057778588.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057778588.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057778588.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:26503894 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B10 |
Chr8:26503894 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B10 |
Chr8:26503981 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B35,B57,B61,D10,D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778588.1PF13833
EF-hand_8 46-98 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778588.1 |
Pfam | PF13833 |
EF-hand_8 | Domain | 46 | 98 | 3.9e-15 | 56.0 | EF-hand domain pair |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。