Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002697`

染色体: Chr08 坐标: 26565130-26565627 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002697`
名称	SmilChr08G002697
描述	uncharacterized SmilChr08G002697
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	26565130 - 26565627 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998256`
GeneID	`130998256`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998256`
原始查询	`SmilChr08G002697`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=55.79; qcov=0.576; evalue=5.09e-31; confidence=medium
Rice	`Os01g0872900` - identity=44.72; qcov=0.976; evalue=1.11e-41; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998256

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779670.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:26565157`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,C55
`Chr8:26565180`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B76,B77,C19,C55
`Chr8:26565202`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr8:26565218`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr8:26565255`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:26565292`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	63	A15,A4,A9,B10,B101,B102,B109,B112,B113,B114,B117,B121,B122,B124,B127,B130,B131,B134,B136,B137,B138,B14,B23,B25,B26,B28,B3,B31,B38,B39,B47,B48,B55,B58,B63,B71,B72,B74,B79,B8,B88,B93,B94,B97,C17,C2,C23,C27,C29,C3,C4,C43,C46,C51,C57,C6,C60,C63,C67,C73,C80,C81,C82
`Chr8:26565321`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	9	B112,B120,B17,B46,B51,C35,C37,C57,C86
`Chr8:26565330`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,B12
`Chr8:26565339`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr8:26565343`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B76,B77,C19,D10
`Chr8:26565344`	`GTT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B64,B78,C47
`Chr8:26565344`	`GTT`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B64,B78,C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779670.1

165 aa

165

Plant_tran

PF04827 Plant_tran 2-98 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779670.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	2	98	5.8e-37	128.0	Plant transposon protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923687.1
ATGCAATTTGTCGTCAACAGCTCCCACCACACTCGAGGCTACTACCTCATCGATGACATCTACCCAAAGTGGCCGATATTCGTGAAAAGCTTTGCTTTTCCAAGCGACGCGAAGAAGCAGAGGTTCAAAGTGATGCAAGAAGCTGCAAGAAAGGATGTGGAACGAGCTTTTGGTGTTCTTCAACTTCGTTGGAATATTGTCAAAGGTTCGGCTCGTTTATGGAAGAATGAGCATATGAGCAGTATCATGTTTGCGTGCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080394.1_cds_XP_057779670.1_43835
ATGCAATTTGTCGTCAACAGCTCCCACCACACTCGAGGCTACTACCTCATCGATGACATCTACCCAAAGTGGCCGATATTCGTGAAAAGCTTTGCTTTTCCAAGCGACGCGAAGAAGCAGAGGTTCAAAGTGATGCAAGAAGCTGCAAGAAAGGATGTGGAACGAGCTTTTGGTGTTCTTCAACTTCGTTGGAATATTGTCAAAGGTTCGGCTCGTTTATGGAAGAATGAGCATATGAGCAGTATCATGTTTGCGTGCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779670.1
MQFVVNSSHHTRGYYLIDDIYPKWPIFVKSFAFPSDAKKQRFKVMQEAARKDVERAFGVLQLRWNIVKGSARLWKNEHMSSIMFACIILHNMIIEDEGADTIDWKVEAGGEGSSSGPHTEFNTGAPSDFAAYMAQSSNLKDSRLHARLCDDLVEHIWARFGPIKS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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