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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002704

染色体: Chr08 坐标: 26616198-26631379 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002704
名称SmilChr08G002704
描述uncharacterized SmilChr08G002704
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向26616198 - 26631379 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997335
GeneID130997335
locus_tag-
NCBI NameLOC130997335
原始查询SmilChr08G002704

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transducin family protein / WD-40 repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819268]; symbol=AT2G46560; hit=AT2G46560; species=arabidopsis; confidence=medium
产物transducin family protein / WD-40 repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819268]; symbol=AT2G46560; hit=AT2G46560; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G46560 (AT2G46560)
transducin family protein / WD-40 repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819268]
identity=42; qcov=1.05; evalue=0; confidence=medium
RiceOs01g0551900 (OsWD40-15)
-
identity=65.8; qcov=0.205; evalue=0; confidence=weak
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0007035 (vacuolar acidification); GO:0043291 (RAVE complex)
KEGGsmil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00400 (WD40); PF12234 (Rav1p_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997335

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057778603.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.60000 XP_057778610.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057778603.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057778603.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778610.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:26616352 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr8:26616376 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B39
Chr8:26616376 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B39
Chr8:26616420 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr8:26616498 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr8:26616539 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr8:26616571 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr8:26616615 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr8:26618958 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr8:26619063 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr8:26619207 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,B37
Chr8:26619297 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B132,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778603.1
2496 aa
N
1
1248
2496
Rav1p_C
WD40
C
PF12234 Rav1p_C 805-1376 aa PF00400 WD40 2397-2428 aa
XP_057778604.1
2496 aa
N
1
1248
2496
Rav1p_C
WD40
C
PF12234 Rav1p_C 805-1376 aa PF00400 WD40 2397-2428 aa
XP_057778605.1
2496 aa
N
1
1248
2496
Rav1p_C
WD40
C
PF12234 Rav1p_C 805-1376 aa PF00400 WD40 2397-2428 aa
XP_057778606.1
2496 aa
N
1
1248
2496
Rav1p_C
WD40
C
PF12234 Rav1p_C 805-1376 aa PF00400 WD40 2397-2428 aa
XP_057778607.1
2496 aa
N
1
1248
2496
Rav1p_C
WD40
C
PF12234 Rav1p_C 805-1376 aa PF00400 WD40 2397-2428 aa
XP_057778609.1
2362 aa
N
1
1181
2362
Rav1p_C
WD40
C
PF12234 Rav1p_C 671-1242 aa PF00400 WD40 2263-2294 aa
XP_057778610.1
2355 aa
N
1
1178
2355
Rav1p_C
WD40
C
PF12234 Rav1p_C 664-1235 aa PF00400 WD40 2256-2287 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778603.1 Pfam PF12234 Rav1p_C Family 805 1376 1.7e-69 235.6 RAVE protein 1 C terminal
XP_057778603.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 2397 2428 1.6e-12 48.1 WD domain, G-beta repeat
XP_057778604.1 Pfam PF12234 Rav1p_C Family 805 1376 1.7e-69 235.6 RAVE protein 1 C terminal
XP_057778604.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 2397 2428 1.6e-12 48.1 WD domain, G-beta repeat
XP_057778605.1 Pfam PF12234 Rav1p_C Family 805 1376 1.7e-69 235.6 RAVE protein 1 C terminal
XP_057778605.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 2397 2428 1.6e-12 48.1 WD domain, G-beta repeat
XP_057778606.1 Pfam PF12234 Rav1p_C Family 805 1376 1.7e-69 235.6 RAVE protein 1 C terminal
XP_057778606.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 2397 2428 1.6e-12 48.1 WD domain, G-beta repeat
XP_057778607.1 Pfam PF12234 Rav1p_C Family 805 1376 1.7e-69 235.6 RAVE protein 1 C terminal
XP_057778607.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 2397 2428 1.6e-12 48.1 WD domain, G-beta repeat
XP_057778609.1 Pfam PF12234 Rav1p_C Family 671 1242 1.8e-68 232.2 RAVE protein 1 C terminal
XP_057778609.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 2263 2294 7.1e-12 46.0 WD domain, G-beta repeat
XP_057778610.1 Pfam PF12234 Rav1p_C Family 664 1235 1.8e-68 232.2 RAVE protein 1 C terminal
XP_057778610.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 2256 2287 7.2e-12 46.0 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

10 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093049.1
TACAAAAATCTGCTATGCAAGTTCAACTAATCGTTGTCCACATTATCGCGTACGATTGATCTATTCAGCCCCTATTTTGCACACAGCTAAACTGTAACTAAGTGTCACTCGACACATCTCGCAGCTAATTCCGATAATGGCGGAGGCTACTCGTCCCCCGCCGCCGCCGCTCGATGTCGCCTCCCGCTTACCGCTCCACTTAATCAAATCCGAGATTATTCCGCCCGCCCCCTCACGATCCGGCTCCGGATCCGCGGCGG...
XR_009093048.1
ACAAAAATCTGCTATGCAAGTTCAACTAATCGTTGTCCACATTATCGCGTACGATTGATCTATTCAGCCCCTATTTTGCACACAGCTAAACTGTAACTAAGTGTCACTCGACACATCTCGCAGCTAATTCCGATAATGGCGGAGGCTACTCGTCCCCCGCCGCCGCCGCTCGATGTCGCCTCCCGCTTACCGCTCCACTTAATCAAATCCGAGATTATTCCGCCCGCCCCCTCACGATCCGGCTCCGGATCCGCGGCGGC...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC130997335
ATGGCGGAGGCTACTCGTCCCCCGCCGCCGCCGCTCGATGTCGCCTCCCGCTTACCGCTCCACTTAATCAAATCCGAGATTATTCCGCCCGCCCCCTCACGATCCGGCTCCGGATCCGCGGCGGCCGCCGATTTCCTGCTCGACTTCGCCGGGCACTCATGGATCGCCTACGGCGCCGCCTCTCTCGTAGTCATATCTCACTTCCCAGACCCTCAATCAGAGGCCGAAACGAGAATCGGGCCGATATATCGTCAAGTGAT...
LOC130997335
ATGGCGGAGGCTACTCGTCCCCCGCCGCCGCCGCTCGATGTCGCCTCCCGCTTACCGCTCCACTTAATCAAATCCGAGATTATTCCGCCCGCCCCCTCACGATCCGGCTCCGGATCCGCGGCGGCCGCCGATTTCCTGCTCGACTTCGCCGGGCACTCATGGATCGCCTACGGCGCCGCCTCTCTCGTAGTCATATCTCACTTCCCAGACCCTCAATCAGAGGCCGAAACGAGAATCGGGCCGATATATCGTCAAGTGAT...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057778603.1
MAEATRPPPPPLDVASRLPLHLIKSEIIPPAPSRSGSGSAAAADFLLDFAGHSWIAYGAASLVVISHFPDPQSEAETRIGPIYRQVIELSREADAHVSAVCWSPATPSVGELAVALGDRIVLLSYSEDENSTSSFCWRQTTMLILSMKVEAIQWTGSGDGIISGGTDVVMWRRKEKSWEIAWSFKPKIPQALVSTTWAAYGLSATAPCSEVQIGGSSALPNDARDCVLVFQFDGHSKYPQHELRHPMPVGMIQWRPSTGK...
XP_057778604.1
MAEATRPPPPPLDVASRLPLHLIKSEIIPPAPSRSGSGSAAAADFLLDFAGHSWIAYGAASLVVISHFPDPQSEAETRIGPIYRQVIELSREADAHVSAVCWSPATPSVGELAVALGDRIVLLSYSEDENSTSSFCWRQTTMLILSMKVEAIQWTGSGDGIISGGTDVVMWRRKEKSWEIAWSFKPKIPQALVSTTWAAYGLSATAPCSEVQIGGSSALPNDARDCVLVFQFDGHSKYPQHELRHPMPVGMIQWRPSTGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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