Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002710`

染色体: Chr08 坐标: 26652772-26655759 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002710`
名称	SmilChr08G002710
描述	uncharacterized protein At4g00950-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	26652772 - 26655759 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997338`
GeneID	`130997338`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997338`
原始查询	`SmilChr08G002710`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835382]; symbol=AT5G53030; hit=AT5G53030; species=arabidopsis; confidence=low
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835382]; symbol=AT5G53030; hit=AT5G53030; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G53030` (AT5G53030) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835382] identity=33.8; qcov=1.03; evalue=1.82e-16; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF05097 (DUF688)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997338

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057778613.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057778613.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778613.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778613.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057778613.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:26654957`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B121,B79
`Chr8:26654957`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B121,B79
`Chr8:26655005`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr8:26655066`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B140
`Chr8:26655066`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B140
`Chr8:26655069`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr8:26655223`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B53
`Chr8:26655223`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B53
`Chr8:26655346`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C85
`Chr8:26655346`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778613.1

225 aa

112

225

DUF688

PF05097 DUF688 32-77 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778613.1`	Pfam	`PF05097`	DUF688	Family	32	77	0.00016	21.8	Protein of unknown function (DUF688)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922630.1
GGTTTAATTCCCTGTTCAGAGCACATGAAAAATAACAACTGGCAAATTTCTATGATATCAAAATAAAACAAAGCAAGATTTTATAATGGCTATAAATACGGCTTTATGTAAAGTCAAAGTGAAGCACAATATATCACCTCTATATTTCCCACATCCAAATCCAAATCCAAATTCCACTTACTCTCTCTCTCTCTCAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAAACATGGGAGAAGAGGGTGAAAATGAGGCAAGTTTTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997338
ATGGGAGAAGAGGGTGAAAATGAGGCAAGTTTTCCTACACTAAAGCTCGCATTTGCAGAGATGCCCGAATCGCCGGAGCATCCATCAACGCCGCCGTTCCAAGCGTCAGCCACCATCCCGTTCAAATGGGAGGAGCAGCCCGGGAAGCCACGTCACTGCATCGCCATCGCCCGACCCGAACCCGCCAAGTCGCTGGAGCTCCCGCCCTGCATGAACCCGGCCGACAAATTTACCAAAACGCCCTCCCCCACCACCGTCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778613.1
MGEEGENEASFPTLKLAFAEMPESPEHPSTPPFQASATIPFKWEEQPGKPRHCIAIARPEPAKSLELPPCMNPADKFTKTPSPTTVLDGPYNVARPKFSSFRFTRDGADSFGSPEGTAFEALLGAKKGKGRGFFGKFKGGKREVGGGGSCRFSPSAVSSCDSEDMFAAVKNNCGVQIKRNGSFSNISHAKPTQLWTSFCHGIKQVIHWKGSKKSNKEGRNSRSDM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器