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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002725

染色体: Chr08 坐标: 26883322-26886011 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002725
名称SmilChr08G002725
描述cyclic pyranopterin monophosphate synthase, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向26883322 - 26886011 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997353
GeneID130997353
locus_tag-
NCBI NameLOC130997353
原始查询SmilChr08G002725

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cyclic pyranopterin monophosphate synthase, mitochondrial
产物cyclic pyranopterin monophosphate synthase%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G01290 (CNX3)
cofactor of nitrate reductase and xanthine dehydrogenase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839445]
identity=54.8; qcov=1.14; evalue=8.93e-86; confidence=high
RiceOs04g0460500 (OSJNBa0072F16.9)
-
identity=63; qcov=0.879; evalue=2.64e-82; confidence=high
GOGO:0006777 (Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process)
KEGGsmil00790 (Folate biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04122 (Sulfur relay system - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01967 (MoaC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997353

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057778628.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 1.00000 XP_057778628.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778628.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778628.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778628.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:26883843 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B46,B51,B60,C35
Chr8:26885356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr8:26885707 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr8:26885743 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr8:26885756 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr8:26885782 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778628.1
231 aa
N
1
116
231
MoaC
C
PF01967 MoaC 89-224 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778628.1 Pfam PF01967 MoaC Domain 89 224 6.7e-53 179.0 MoaC family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922645.1
TTATAAACACAATTTGATGTATTAATAATTTAATACCAAGTTATATCATTAATAAAGGGAAAAAAAAAATTAATGATGCGGTTTCCATAAATCCACCATTTTTGCTGAATTAGTTTATAAAATTTCACTCCAATTCCAATTATATCCTTGCAATTGAATAAAATTACATTTACTTTGTTTTTTATATATATAAAGATAAAGATTTATTCATCTACTTTTTTCATAAATAAAAAAACAGAGAAGAATTATATACTAAAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997353
ATGTTTCTTCGTCGATTTGCAACGATACTGAAGCCTTTTCCGAGGGTTAGATTCTTCAGCAGTGACGGCAGCCATGATTTTGCCAAAACTATCGCCGAGCTCAATCAGGAAATGGAGTTTGTGTTTGGTGCACCTCCCCCGTCATCCCTTGACAGTCCGACTCTAGATCAAGAATCGCATGTTGTAGCCAAAGGTGTCAATGGACAACAAGCGCCTGCGCCTCCTTCTGGATTGAGTCACATTGATAGCAAAGGCGAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778628.1
MFLRRFATILKPFPRVRFFSSDGSHDFAKTIAELNQEMEFVFGAPPPSSLDSPTLDQESHVVAKGVNGQQAPAPPSGLSHIDSKGEARMVDISSKEITKRVALASCKVVLGEKVFGLVSANQMEKGDVLGVAKIAGVCGAKQTSNLIPLCHNINLSRVHVDLALNHRDFSIEIRGEAASTGKTGVEMEALTAVTVAGLTVYDMCKAASKDIVITDVRLEQKSGGKSGDWSR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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