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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002738

染色体: Chr08 坐标: 26997190-27000441 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002738
名称SmilChr08G002738
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g01030, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向26997190 - 27000441 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997366
GeneID130997366
locus_tag-
NCBI NameLOC130997366
原始查询SmilChr08G002738

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g01030, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g01030%2C mitochondrial
ArabidopsisAT4G01030 (AT4G01030)
pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827926]
identity=47.2; qcov=0.831; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0586900
-
identity=41.2; qcov=0.858; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997366

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057778636.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057778636.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778636.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778636.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778636.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:26997823 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr8:26997992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr8:26998111 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C71
Chr8:26998111 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C71
Chr8:26998422 C CTA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B53
Chr8:26998422 C CTA 2bp_insertion CDS_variant 1 B53
Chr8:26998490 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B113,B97
Chr8:26998561 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B109,B113,B97
Chr8:26998561 C CT 1bp_insertion CDS_variant 3 B109,B113,B97
Chr8:26998563 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 3 B109,B113,B97
Chr8:26998563 TA T 1bp_deletion CDS_variant 3 B109,B113,B97
Chr8:26998765 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778636.1
923 aa
N
1
462
923
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 280-307 aa PF13041 PPR_2 307-345 aa PF01535 PPR 309-337 aa PF13812 PPR_3 330-377 aa PF13041 PPR_2 341-387 aa PF01535 PPR 344-374 aa PF01535 PPR 416-444 aa PF13041 PPR_2 442-490 aa PF13812 PPR_3 443-486 aa PF01535 PPR 446-475 aa PF13041 PPR_2 477-525 aa PF01535 PPR 480-510 aa PF13812 PPR_3 503-559 aa PF12854 PPR_1 509-540 aa PF13041 PPR_2 512-560 aa PF01535 PPR 515-545 aa PF01535 PPR 586-608 aa PF13041 PPR_2 616-661 aa PF01535 PPR 617-643 aa PF13812 PPR_3 643-694 aa PF01535 PPR 652-679 aa PF01535 PPR 690-714 aa PF20431 E_motif 733-794 aa PF14432 DYW_deaminase 830-921 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778636.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 280 307 4.8e-64 209.0 PPR repeat
XP_057778636.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 307 345 9e-77 253.7 PPR repeat family
XP_057778636.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 309 337 4.8e-64 209.0 PPR repeat
XP_057778636.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 330 377 3.2e-35 120.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057778636.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 341 387 9e-77 253.7 PPR repeat family
XP_057778636.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 344 374 4.8e-64 209.0 PPR repeat
XP_057778636.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 416 444 4.8e-64 209.0 PPR repeat
XP_057778636.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 442 490 9e-77 253.7 PPR repeat family
XP_057778636.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 443 486 3.2e-35 120.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057778636.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 446 475 4.8e-64 209.0 PPR repeat
XP_057778636.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 477 525 9e-77 253.7 PPR repeat family
XP_057778636.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 480 510 4.8e-64 209.0 PPR repeat
XP_057778636.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 503 559 3.2e-35 120.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057778636.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 509 540 3.2e-46 155.5 PPR repeat
XP_057778636.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 512 560 9e-77 253.7 PPR repeat family
XP_057778636.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 515 545 4.8e-64 209.0 PPR repeat
XP_057778636.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 586 608 4.8e-64 209.0 PPR repeat
XP_057778636.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 616 661 9e-77 253.7 PPR repeat family
XP_057778636.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 617 643 4.8e-64 209.0 PPR repeat
XP_057778636.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 643 694 3.2e-35 120.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057778636.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 652 679 4.8e-64 209.0 PPR repeat
XP_057778636.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 690 714 4.8e-64 209.0 PPR repeat
XP_057778636.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 733 794 3.6e-12 47.1 E motif
XP_057778636.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 830 921 2.2e-22 79.4 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922653.1
TGAATCGTATTAAATAAAAAAAAATTAAAGAATACACCATGATGAAGTCGAACTCAAAATTTTTAAATTTAAGCTTTAATCGATCTACTACCTAGCGAATGCTATAAATCCTTGATTCATGACTGTCAAAAAAAAAAAAAAATCATTGATTCATGAATGAAGAAATTGTTGACTGTCACGGTTCCTAATGGTTTTAGGCTGTAGTGCATCTTCAATAATTCTTTATCTTCAGTTGGGATAACCTTATCCACAGACAAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997366
ATGGAAGCCATAATAAATTCTTTTCATCACTTACCACACAGAAATTTCACCACCAAATTCAGCCAGCTAAAAGCTGCTGCAGCGTGTGTTGAGACTTCCCCTCCGCCAGAGACATTGTCGAACGTTTCTTCACTAAGCAAGTTGAAGTTGAATCCAGCCAAAGCAAGGCATGCGCACATCATAAAAATGCCAAATCAGCAAGATTCAGACATCAAGGTGCAGTCTCTGATCACATCATATTTGGAGCTCGGAGATTTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778636.1
MEAIINSFHHLPHRNFTTKFSQLKAAAACVETSPPPETLSNVSSLSKLKLNPAKARHAHIIKMPXNQQDSDIKVQSLITSYLELGDFHSAAMLFFVGLEQKXYLHWNTFFQEFKNKGGDPIEILQVFVELHNIGVVFGSENLAMLLKMCAKLRDSWLGLEIHVCLIKRGFDQDMHAKAALMNFYGXCWGSDSAKGRSIEASDQTSLLWNEAVLVALRNGEWFEGIDVFRHSQFSSMKITSNTFTIARVLQACGRXELLMR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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