当前解析结果
SmilChr08G002739| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002739 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002739 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G002739 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 27004195 - 27006133 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998259 |
|---|---|
| GeneID | 130998259 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998259 |
| 原始查询 | SmilChr08G002739 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G13770 (AT2G13770)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=55.3; qcov=0.216; evalue=3.18e-33; confidence=weak |
| Rice | Os06g0597250- identity=49.2; qcov=0.746; evalue=1.16e-117; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF28509 (DUF8418) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998259 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057779674.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779674.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779674.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057779674.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057779674.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:27004203 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 8 | B140,B2,B40,B67,B7,B81,C33,C82 |
Chr8:27004206 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 8 | B140,B2,B40,B67,B7,B81,C33,C82 |
Chr8:27004216 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C87,D11 |
Chr8:27004308 |
AAT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 10 | B112,B25,B44,B71,B95,C14,C17,C22,C57,C67 |
Chr8:27004312 |
T |
TCC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 10 | B112,B25,B44,B71,B95,C14,C17,C22,C57,C67 |
Chr8:27004390 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C43,C65 |
Chr8:27004402 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B40 |
Chr8:27004412 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C67,D7 |
Chr8:27004978 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B33,B49,B98,C32,C68 |
Chr8:27004981 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 19 | A10,A18,A19,A23,A5,B1,B106,B109,B3,B44,B5,B54,B62,B79,C34,C40,C77,C79,D6 |
Chr8:27005020 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B2,C4 |
Chr8:27005027 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B119,B42,B43,C26 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779674.1PF28509
DUF8418 61-99 aa
PF04827
Plant_tran 169-371 aa
PF13359
DDE_Tnp_4 215-363 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779674.1 |
Pfam | PF28509 |
DUF8418 | Domain | 61 | 99 | 1.2e-16 | 60.9 | Domain of unknown function (DUF8418) |
XP_057779674.1 |
Pfam | PF04827 |
Plant_tran | Family | 169 | 371 | 6e-93 | 310.8 | Plant transposon protein |
XP_057779674.1 |
Pfam | PF13359 |
DDE_Tnp_4 | Domain | 215 | 363 | 5e-10 | 39.9 | DDE superfamily endonuclease |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。