当前解析结果
SmilChr08G002740| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002740 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002740 |
| 描述 | proline-rich receptor-like protein kinase PERK2 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 27015651 - 27016283 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130998261 |
|---|---|
| GeneID | 130998261 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998261 |
| 原始查询 | SmilChr08G002740 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | proline-rich receptor-like protein kinase PERK2 |
| 产物 | proline-rich receptor-like protein kinase PERK2 |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998261 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057779675.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057779675.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057779675.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779675.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057779675.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:27015756 |
ATT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 3 | A7,B29,C61 |
Chr8:27015756 |
ATT |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 3 | A7,B29,C61 |
Chr8:27015796 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 25 | A24,A5,B101,B124,B126,B131,B17,B2,B38,B39,B66,B71,B81,B89,B98,C13,C2,C20,C23,C30,C35,C50,C55,C58,C7 |
Chr8:27015809 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 25 | A1,B10,B104,B107,B108,B117,B119,B130,B139,B15,B25,B3,B31,B41,B42,B43,B48,B85,C15,C18,C26,C29,C3,C6,D6 |
Chr8:27015820 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B95 |
Chr8:27015859 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:27015870 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B16,B29 |
Chr8:27015924 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B16 |
Chr8:27015925 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B108,C52 |
Chr8:27015927 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 10 | B132,B22,B53,B55,B71,C22,C50,C72,D10,D6 |
Chr8:27015939 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 16 | A10,A7,B135,B2,B25,B27,B33,B38,B78,C31,C55,C64,C73,C78,C8,D9 |
Chr8:27015949 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B2,C73 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。