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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002740

染色体: Chr08 坐标: 27015651-27016283 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002740
名称SmilChr08G002740
描述proline-rich receptor-like protein kinase PERK2
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向27015651 - 27016283 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998261
GeneID130998261
locus_tag-
NCBI NameLOC130998261
原始查询SmilChr08G002740

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述proline-rich receptor-like protein kinase PERK2
产物proline-rich receptor-like protein kinase PERK2
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998261

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057779675.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057779675.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057779675.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779675.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779675.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:27015756 ATT A 2bp_deletion frameshift_variant 3 A7,B29,C61
Chr8:27015756 ATT A 2bp_deletion CDS_variant 3 A7,B29,C61
Chr8:27015796 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 25 A24,A5,B101,B124,B126,B131,B17,B2,B38,B39,B66,B71,B81,B89,B98,C13,C2,C20,C23,C30,C35,C50,C55,C58,C7
Chr8:27015809 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 25 A1,B10,B104,B107,B108,B117,B119,B130,B139,B15,B25,B3,B31,B41,B42,B43,B48,B85,C15,C18,C26,C29,C3,C6,D6
Chr8:27015820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr8:27015859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:27015870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,B29
Chr8:27015924 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr8:27015925 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C52
Chr8:27015927 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 10 B132,B22,B53,B55,B71,C22,C50,C72,D10,D6
Chr8:27015939 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 16 A10,A7,B135,B2,B25,B27,B33,B38,B78,C31,C55,C64,C73,C78,C8,D9
Chr8:27015949 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923692.1
ATGATGGAAAAGACTATAGAGAAGGGTGTTGAGTCTGTTGACTCGAGCTTGACAACATTTGAGCGAATAATGGAGAAACTCAATCGCATTGAGGAGTTGCTGGCTATTCAATCAAGAAAAATGAAGCCCTCTCCCATTCCATGTAGCCAATATAGTGTCAAATCAGTCACGCTGCATCCACCTCCTGTTTCTGTGATGACTCCACCGCCTCCACATCCTGTTTCCATAATGACTCCCCCACCTCCACCTCCTGTTTCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998261
ATGATGGAAAAGACTATAGAGAAGGGTGTTGAGTCTGTTGACTCGAGCTTGACAACATTTGAGCGAATAATGGAGAAACTCAATCGCATTGAGGAGTTGCTGGCTATTCAATCAAGAAAAATGAAGCCCTCTCCCATTCCATGTAGCCAATATAGTGTCAAATCAGTCACGCTGCATCCACCTCCTGTTTCTGTGATGACTCCACCGCCTCCACATCCTGTTTCCATAATGACTCCCCCACCTCCACCTCCTGTTTCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779675.1
MMEKTIEKGVESVDSSLTTFERIMEKLNRIEELLAIQSRKMKPSPIPCSQYSVKSVTLHPPPVSVMTPPPPHPVSIMTPPPPPPVSATSLPPQPPVSLTPPPPMPLVSMETPTSVIETVVVAPSNILVASLPTRTSSLSRVAPLSTRVDPLSTKTLALTRIYASLAHRDWKELSQLTKEFLTTINLGRIYKASPGITVQQGEYEYPNQIA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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