Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002751`

染色体: Chr08 坐标: 27166736-27170700 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002751`
名称	SmilChr08G002751
描述	magnesium transporter MRS2-4
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	27166736 - 27170700 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997377`
GeneID	`130997377`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997377`
原始查询	`SmilChr08G002751`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	magnesium transporter MRS2-4
产物	magnesium transporter MRS2-4
Arabidopsis	`AT3G58970` (MGT6) magnesium transporter 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825066] identity=67.9; qcov=0.953; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0137700` (OsMRS2-5) - identity=51.4; qcov=0.936; evalue=7.97e-123; confidence=high
GO	GO:0015095 (magnesium ion transmembrane transporter activity); GO:0015693 (magnesium ion transport); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF01544 (CorA); PF22099 (MRS2-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997377

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057778647.1`
2	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057778647.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778648.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778648.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778648.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:27167619`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	19	A15,A2,A4,A9,B120,B7,B71,B77,B80,C19,C40,C41,C51,C63,C67,C8,C80,C84,D2
`Chr8:27167628`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	A2,B7,B80
`Chr8:27167628`	`G`	`GC`	1bp_insertion	CDS_variant	3	A2,B7,B80
`Chr8:27167630`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	39	A16,A19,A23,B100,B107,B108,B125,B133,B138,B140,B17,B19,B2,B22,B26,B28,B30,B47,B50,B54,B55,B57,B64,B65,B67,B83,B87,C11,C21,C33,C36,C64,C66,C69,C70,C74,C82,D1,D3
`Chr8:27169542`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778647.1

444 aa

222

444

MRS2-like

PF22099 MRS2-like 59-268 aa

XP_057778648.1

422 aa

211

422

MRS2-like

CorA

MRS2-like

PF22099 MRS2-like 59-268 aa PF01544 CorA 298-410 aa PF22099 MRS2-like 303-350 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778647.1`	Pfam	`PF22099`	MRS2-like	Family	59	268	1.3e-24	87.5	Magnesium transporter MRS2-like
`XP_057778648.1`	Pfam	`PF22099`	MRS2-like	Family	59	268	1.8e-29	103.4	Magnesium transporter MRS2-like
`XP_057778648.1`	Pfam	`PF01544`	CorA	Family	298	410	5.6e-08	33.1	CorA-like Mg2+ transporter protein
`XP_057778648.1`	Pfam	`PF22099`	MRS2-like	Family	303	350	1.8e-29	103.4	Magnesium transporter MRS2-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922665.1
GAGGAATGCAAATTTGGTCGCTTTATGAATGAAAGCAAGATAAAAGAGGCTTGGGTTGCGCCTCCACCGTTGAGTCTTGAATATCCCAAAAGTTGAGTGTGAAGAAGAAGAGTAACTAAACCTAACACACCTTTTTTTTTATGGAAGAAACCGAATTCCGGAAGAGGAATTTCTCCCCAATCCCATACCCTAGAGAGAGGTAGAAGAATTCAGAGAGAGAGAGAGAGACATACTGAGATTGCGGGTGAGGAGATGGGCAA...

XM_057922664.1
GGGTTGCGCCTCCACCGTTGAGTCTTGAATATCCCAAAAGTTGAGTGTGAAGAAGAAGAGTAACTAAACCTAACACACCTTTTTTTTTATGGAAGAAACCGAATTCCGGAAGAGGAATTTCTCCCCAATCCCATACCCTAGAGAGAGGTAGAAGAATTCAGAGAGAGAGAGAGAGACATACTGAGATTGCGGGTGAGGAGATGGGCAAGCTGACGTTCCGGCGGAAGAAGAAGTCCGCCCCGCCCACGCTACCTCCTCCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130997377
ATGGGCAAGCTGACGTTCCGGCGGAAGAAGAAGTCCGCCCCGCCCACGCTACCTCCTCCTCCTCCGGCGATCGAGGCGGCGGCGGCCACTACGAGTAAGGCGTCCGCGAAGAAGAAGGCGGTCGGCTCGCGCCTCTGGATGCGGATGGATCGCCTCGGCCAGTCGGAACTGATCGAGTGTGATAAGTCTGTCATCATCAAGCGCGTCTCTATTCCCGCTAGGGATTTGAGGATTCTCGGGCCTATTTTCTCTCATTCCTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057778647.1
MGKLTFRRKKKSAPPTLPPPPPAIEAAAATTSKASAKKKAVGSRLWMRMDRLGQSELIECDKSVIIKRVSIPARDLRILGPIFSHSSSILAREKAMIVNLEFIRAIVTAEEVLLLDPLQQEVLPFVDQLRRQLPQKIPSKYVSDQMVSHDNEMQSATAGQWLAAPETAEGLQDELPFEFQVLEIALEVVCTYLDSSVAELERDAYPALDELAISVSTKNLEHVRSLKSNLTRLLARVQKVRDEIEHLLDDNEDMAQLYLT...

XP_057778648.1
MGKLTFRRKKKSAPPTLPPPPPAIEAAAATTSKASAKKKAVGSRLWMRMDRLGQSELIECDKSVIIKRVSIPARDLRILGPIFSHSSSILAREKAMIVNLEFIRAIVTAEEVLLLDPLQQEVLPFVDQLRRQLPQKIPSKYVSDQMVSHDNEMQSATAGQWLAAPETAEGLQDELPFEFQVLEIALEVVCTYLDSSVAELERDAYPALDELAISVSTKNLEHVRSLKSNLTRLLARVQKVRDEIEHLLDDNEDMAQLYLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器