Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002765`

染色体: Chr08 坐标: 27270198-27272757 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002765`
名称	SmilChr08G002765
描述	uncharacterized SmilChr08G002765
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	27270198 - 27272757 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998263`
GeneID	`130998263`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998263`
原始查询	`SmilChr08G002765`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=low
产物	MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G05850` (MUG7) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859] identity=25.9; qcov=0.748; evalue=1.8e-55; confidence=low
Rice	`Os12g0597300` - identity=26.3; qcov=0.709; evalue=2.35e-53; confidence=low
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998263

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779678.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779678.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779678.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779678.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057779678.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:27270203`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C61
`Chr8:27270224`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A15,C54,C76,D8
`Chr8:27270341`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B15,B41,C15
`Chr8:27270341`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B15,B41,C15
`Chr8:27270397`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	13	A24,A5,B126,B15,B41,B42,B43,B81,C15,C2,C35,C39,C58
`Chr8:27270508`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B134,B74,C2
`Chr8:27270515`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	B28,B67,B7,C33
`Chr8:27270515`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B28,B67,B7,C33
`Chr8:27270593`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B124
`Chr8:27270616`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr8:27270674`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B52,C43
`Chr8:27270704`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B138

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779678.1

800 aa

400

800

Transposase_mut

MULE

SWIM

PF00872 Transposase_mut 400-519 aa PF10551 MULE 401-495 aa PF04434 SWIM 644-674 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779678.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	400	519	6.6e-11	42.4	Transposase, Mutator family
`XP_057779678.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	401	495	9.5e-21	74.7	MULE transposase domain
`XP_057779678.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	644	674	3.3e-07	30.4	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923695.1
ATGTCGTTTCAAGCAATCGTTATACGGCACAGTGTTGATGCAAGAGGTGCACGATCAATTAAACGAGGATGGTCGATCCACTTATATGCTTTTCTACACATCGACCACGGACGAAGGGCGAAAAAAAAAGTGTCTTTGAAGACTGATTCGGATTTGAACCGGCTGATTTCCGAGCATAAGAAATATCCCGTTGTTTACGTGATCAAGAAGGGCAAACAATCCGCGGCTCCGGTTCCTCAGACTCAAGAGCGGGTATATTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998263
ATGTCGTTTCAAGCAATCGTTATACGGCACAGTGTTGATGCAAGAGGTGCACGATCAATTAAACGAGGATGGTCGATCCACTTATATGCTTTTCTACACATCGACCACGGACGAAGGGCGAAAAAAAAAGTGTCTTTGAAGACTGATTCGGATTTGAACCGGCTGATTTCCGAGCATAAGAAATATCCCGTTGTTTACGTGATCAAGAAGGGCAAACAATCCGCGGCTCCGGTTCCTCAGACTCAAGAGCGGGTATATTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779678.1
MSFQAIVIRHSVDARGARSIKRGWSIHLYAFLHIDHGRRAKKKVSLKTDSDLNRLISEHKKYPVVYVIKKGKQSAAPVPQTQERVYYEGHRSTVFPIETDIGKSILTHDDSRDDSSSQEEEDESESSDEEEEAIRRREILDSVSTEQEAWRQTGPQNFTSNDQPDVEPRVGVQQLEARDWGIPVLDFDDTPALGWEDSNVLESGILSVGALFRSKDDLAIVVGLYHMENHVEYAVHRSSTTRLWFVCKHGNGCPFMLRAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器