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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002767

染色体: Chr08 坐标: 27315951-27317352 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002767
名称SmilChr08G002767
描述uncharacterized SmilChr08G002767
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向27315951 - 27317352 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998264
GeneID130998264
locus_tag-
NCBI NameLOC130998264
原始查询SmilChr08G002767

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os11g0282700; species=rice; confidence=low
产物hit=Os11g0282700; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs11g0282700
-
identity=26.1; qcov=0.717; evalue=1.47e-10; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998264

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779679.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779679.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779679.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779679.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057779679.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:27315977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B108,B23,C32,C8
Chr8:27315996 A AGG 2bp_insertion frameshift_variant 1 C39
Chr8:27315996 A AGG 2bp_insertion CDS_variant 1 C39
Chr8:27316021 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 13 A13,B106,B29,B61,B63,B68,B72,B78,B91,C22,C37,C50,C72
Chr8:27316078 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 12 B1,B102,B11,B115,B117,B124,B127,B35,B48,B90,C28,C40
Chr8:27316235 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C39
Chr8:27316235 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr8:27316248 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C35,D11
Chr8:27316259 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr8:27316286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr8:27316346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr8:27316350 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923696.1
ATGGATCATGAATTCGATGAATACCTCGAACAACAAGGCGGTTCGAGGCTTCTAATGATGGGATTTGCTCCTTTTTCGCAAGCCTCCAATGTCTTGGCTACAGGAAATGTTTCCACACCGGCGGTGAACGCCAACGTCCAAGAAGAGCCGGAGGCGTTGCTCCAACATTGGGGAACAATCGCGGAGAAGTTCAACGCGCTCAATGAGTCAGGAGCGCCGCCGCGAAAGTTGGATCATCTCAAGTCCCACTTCGCCCGTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998264
ATGGATCATGAATTCGATGAATACCTCGAACAACAAGGCGGTTCGAGGCTTCTAATGATGGGATTTGCTCCTTTTTCGCAAGCCTCCAATGTCTTGGCTACAGGAAATGTTTCCACACCGGCGGTGAACGCCAACGTCCAAGAAGAGCCGGAGGCGTTGCTCCAACATTGGGGAACAATCGCGGAGAAGTTCAACGCGCTCAATGAGTCAGGAGCGCCGCCGCGAAAGTTGGATCATCTCAAGTCCCACTTCGCCCGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779679.1
MDHEFDEYLEQQGGSRLLMMGFAPFSQASNVLATGNVSTPAVNANVQEEPEALLQHWGTIAEKFNALNESGAPPRKLDHLKSHFARVQKETKFFEGFYNTCKENWGSGMSYDKITQQAQTMFEANFKKQFSYIKAWKVLRECERFMSQAGDVQSAKKSKRSDGGATTTSSEPSVTTRPQGQKAAKRDKGKAKKGEGSSGGGSTFSDALEKVAESMRENALKTGEIGKGWS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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