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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002769`

染色体: Chr08 坐标: 27335236-27339332 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002769`
名称	SmilChr08G002769
描述	serine--tRNA ligase-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	27335236 - 27339332 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997392`
GeneID	`130997392`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997392`
原始查询	`SmilChr08G002769`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine--tRNA ligase-like
产物	serine--tRNA ligase-like
Arabidopsis	`AT5G27470` (AT5G27470) seryl-tRNA synthetase / serine-tRNA ligase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832806] identity=75.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0198400` - identity=70.4; qcov=0.969; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000049 (tRNA binding); GO:0004828 (serine-tRNA ligase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005829 (cytosol); GO:0006434 (seryl-tRNA aminoacylation)
KEGG	smil00970 (Aminoacyl-tRNA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00587 (tRNA-synt_2b); PF02403 (Seryl_tRNA_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997392

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057778662.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057778662.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057778662.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778662.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778662.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:27335758`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B56,B82,B96,C65
`Chr8:27335916`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,B96,C65
`Chr8:27336535`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B76,D7
`Chr8:27337190`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr8:27337958`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C23
`Chr8:27337958`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C23
`Chr8:27337967`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr8:27337973`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B71,C80,D2
`Chr8:27338286`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B23,B55,C60
`Chr8:27338895`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B128,B62,C7,C77
`Chr8:27338991`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778662.1

447 aa

224

447

Seryl_tRNA_N

tRNA-synt_2b

PF02403 Seryl_tRNA_N 1-112 aa PF00587 tRNA-synt_2b 221-408 aa

XP_057778663.1

447 aa

224

447

Seryl_tRNA_N

tRNA-synt_2b

PF02403 Seryl_tRNA_N 1-112 aa PF00587 tRNA-synt_2b 221-408 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778662.1`	Pfam	`PF02403`	Seryl_tRNA_N	Domain	1	112	1.8e-26	93.2	Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain
`XP_057778662.1`	Pfam	`PF00587`	tRNA-synt_2b	Domain	221	408	2.2e-43	149.1	tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T)
`XP_057778663.1`	Pfam	`PF02403`	Seryl_tRNA_N	Domain	1	112	1.8e-26	93.2	Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain
`XP_057778663.1`	Pfam	`PF00587`	tRNA-synt_2b	Domain	221	408	2.2e-43	149.1	tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922679.1
GAAAACCCTAGTCTAGACATAACATTCAGTCGCCCACTCACTCTCATCTCTCCCTATTTCACTCTTTGCGGCGCCACCCCAAGGCTGTGCCCTTGTTCCTCCGCCTCCGGCGCTGCCGCGGCAACGGTGCTAGCAGCAGCCCTCGTCCCAGTCGTGCGCTGCTCATCCCTTGCTACAGCTCCCCTGCTCCTCCGCTGCTATAGCTGCGTCCAGCAAGATAGTAGGCGTTTAGGCGGCACAGCCCAGGCCTGGTTCCTCCT...

XM_057922680.1
CATTCAGTCGCCCACTCACTCTCATCTCTCCCTATTTCACTCTTTGCGGCGCCACCCCAAGGCTGTGCCCTTGTTCCTCCGCCTCCGGCGCTGCCGCGGCAACGGTGCTAGCAGCAGCCCTCGTCCCAGTCGTGCGCTGCTCATCCCTTGCTACAGCTCCCCTGCTCCTCCGCTGCTATAGCTGCGTCCAGCAAGATAGTAGGCGTTTAGGCGGCACAGCCCAGGCCTGGTTCCTCCTCGATCGTCGCCGGCGTCCAGCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130997392
ATGTTGGACATCAATCTATTTCGTGAGGAGAAGGGCGGCAACCCTGAGAAACTCAGGGAGTCTCAGCGCCGTCGTTTCACCGACGTTCATATTGTTGATGAGGTGATTGAGCTCGACAGGGCTTGGAGGCAGCGCCAATTTGAGCTGGATGGTTTGAGGACCTCCAGGAACAAGATAAGCAAAGAGATTTCTCGCCTAAAAATTGCTGGAGAAGATACAAAAGGTTTGGTTGAAAGTACAGATAAAAACAAAGAACTGAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057778662.1
MLDINLFREEKGGNPEKLRESQRRRFTDVHIVDEVIELDRAWRQRQFELDGLRTSRNKISKEISRLKIAGEDTKGLVESTDKNKELTVQKEAEVQEALKALQSRLGNIGNLVHDSVPVDNNEDNNAVIRSWGEKRMEPKLKNHVELVELLGIADLKKGANVAGGRGFYLKGDGVLLNQALINFGLHFLRKRGFMPLQTPFFMRKDIMAKCAQLAQFDEELYKVTGEGDDKYLIATAEQPLCAYHLDDWIHPTELPLRYAG...

XP_057778663.1
MLDINLFREEKGGNPEKLRESQRRRFTDVHIVDEVIELDRAWRQRQFELDGLRTSRNKISKEISRLKIAGEDTKGLVESTDKNKELTVQKEAEVQEALKALQSRLGNIGNLVHDSVPVDNNEDNNAVIRSWGEKRMEPKLKNHVELVELLGIADLKKGANVAGGRGFYLKGDGVLLNQALINFGLHFLRKRGFMPLQTPFFMRKDIMAKCAQLAQFDEELYKVTGEGDDKYLIATAEQPLCAYHLDDWIHPTELPLRYAG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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