Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002777`

染色体: Chr08 坐标: 27481578-27483668 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002777`
名称	SmilChr08G002777
描述	uncharacterized SmilChr08G002777
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	27481578 - 27483668 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997400`
GeneID	`130997400`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997400`
原始查询	`SmilChr08G002777`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0965900; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os01g0965900; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G04830` (AT5G04830) Nuclear transport factor 2 (NTF2) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830362] identity=66; qcov=0.768; evalue=9.1e-76; confidence=high
Rice	`Os01g0965900` - identity=68.1; qcov=0.773; evalue=2.85e-81; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997400

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057778672.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057778672.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	0.40000	`XP_057778672.1`
4	Mitochondrion outer membrane	线粒体外膜	0.20000	`XP_057778673.1`
5	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057778673.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:27481872`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr8:27481881`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr8:27482577`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr8:27482624`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B27,B60,B72
`Chr8:27483267`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922689.1
ATCAATTTTTAATTTCATACACAAATTCTCAACAAAGTCCGGTCCACGTCAACTTAAGTTAGTCAAAAAATTTAAGATATATGTATAATTTTTAAGAAAGTATTTAGATTAAAAATTACACAAGATCGAAGTTGGAATTATAGTTGTGAAAAAAGGGTGGCTCCAAATGGCCAGGAACTTGCCACGTGGCAGTGGTAGAAGCCTAGAGAAGGTTTCCCAGTTGTTCCTCCATGCTCATCATCATCATCAACCTTTCAACC...

XM_057922690.1
TGGAATTATAGTTGTGAAAAAAGGGTGGCTCCAAATGGCCAGGAACTTGCCACGTGGCAGTGGTAGAAGCCTAGAGAAGGTTTCCCAGTTGTTCCTCCATGCTCATCATCATCATCAACCTTTCAACCAAATCCTTTATCGTCTCAACTCCTACAATTCTCAATTCAACATGGACCAATATCCACAAGTCATCTCTTGAAGAGGGCGTGAAGGATCAAGTGAGGAAGGAAGTTAACGAGGAACAGAAACCATCAAAATTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130997400
ATGGCCAGGAACTTGCCACGTGGCAGTGGTAGAAGCCTAGAGAAGGTTTCCCAGTTGTTCCTCCATGCTCATCATCATCATCAACCTTTCAACCAAATCCTTTATCGTCTCAACTCCTACAATTCTCAATTCAACATGGACCAATATCCACAAGAGGGCGTGAAGGATCAAGTGAGGAAGGAAGTTAACGAGGAACAGAAACCATCAAAATTTGTGTCGGATTATTTACTTCCTCATATTCTCAATTTATATGCGTCGCG...

LOC130997400
ATGCTCATCATCATCATCAACCTTTCAACCAAATCCTTTATCGTCTCAACTCCTACAATTCTCAATTCAACATGGACCAATATCCACAAGTCATCTCTTGAAGAGGGCGTGAAGGATCAAGTGAGGAAGGAAGTTAACGAGGAACAGAAACCATCAAAATTTGTGTCGGATTATTTACTTCCTCATATTCTCAATTTATATGCGTCGCGTGCAACTCCTAAAGATTTTGAAATTTATGCGCATAATGCAACCTTCGAAGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057778672.1
MARNLPRGSGRSLEKVSQLFLHAHHHHQPFNQILYRLNSYNSQFNMDQYPQEGVKDQVRKEVNEEQKPSKFVSDYLLPHILNLYASRATPKDFEIYAHNATFEDPLMRAHGVKQIKSAFYSLAKIFSESRIVDYSITEKETSPGKTEILIDNKQYYKFMGKDINMISLIKLDTEDGKVVAHQDRWDKKPLWDRETVKVPLVGHVIEATRRASMLATHALMSFGKDPPT

XP_057778673.1
MLIIIINLSTKSFIVSTPTILNSTWTNIHKSSLEEGVKDQVRKEVNEEQKPSKFVSDYLLPHILNLYASRATPKDFEIYAHNATFEDPLMRAHGVKQIKSAFYSLAKIFSESRIVDYSITEKETSPGKTEILIDNKQYYKFMGKDINMISLIKLDTEDGKVVAHQDRWDKKPLWDRETVKVPLVGHVIEATRRASMLATHALMSFGKDPPT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器