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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002788

染色体: Chr08 坐标: 27585693-27589590 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002788
名称SmilChr08G002788
描述glycosyltransferase BC10-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向27585693 - 27589590 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997408
GeneID130997408
locus_tag-
NCBI NameLOC130997408
原始查询SmilChr08G002788

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycosyltransferase BC10-like
产物glycosyltransferase BC10-like
ArabidopsisAT5G22070 (AT5G22070)
Core-2/I-branching beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832268]
identity=57.8; qcov=1.09; evalue=7.03e-133; confidence=high
RiceOs03g0648100
-
identity=60.8; qcov=1.05; evalue=2.09e-135; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF02485 (Branch)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997408

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057778685.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057778685.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778685.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778685.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778685.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:27586030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr8:27586237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B8
Chr8:27586247 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr8:27586271 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr8:27586469 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:27586517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr8:27586761 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:27586854 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B33,B49,C32,C68
Chr8:27586903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B117,C14,C25
Chr8:27586981 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778685.1
334 aa
N
1
167
334
Branch
C
PF02485 Branch 65-300 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778685.1 Pfam PF02485 Branch Family 65 300 1.4e-62 212.2 Core-2/I-Branching enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922702.1
ATTTTTGGGACAAGTTTTTTTTGGTAGAAATCATCTAAACCTTGAAAAGGCGAAAAAGAAATCAGATTTGATCGAAGAAAATGTGAGAGTGCAAGATTGAGAGGAAGCGGAGAAACAAGTTGTGTCCTCCCCCACGTTTCTCTGTCTAACAGATCTCAAAAATATACATTCCCATTAAATTCCATCTCTGCAAATTGTTGTTTGATGATTCGGCCATGCATGCAGATTTCTGCATGCCACAGAATCCAATAATTAAAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997408
ATGGTTAACCCACAATTGGTGCTCTCATTGGCTCTCCTCCTCTCTTTCCCTCTCCTCTTCCTCTTGATCCCATGCATTCTCTCTCCTAAACACATCCCGATCTCCCTCCCCGACGAGCTGGACGACCTGGCCCTCTTCCGCCGCGCCACCCTGGACGCCGCCGCGGCCCCCTCCAAATCCAAACCCCCGAAGATCGCCTTCCTCATCCTCACCAACTCCGATCTCCACTTCGCCCCCCTCTGGGAGCTCTTCTTCCGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778685.1
MVNPQLVLSLALLLSFPLLFLLIPCILSPKHIPISLPDELDDLALFRRATLDAAAAPSKSKPPKIAFLILTNSDLHFAPLWELFFRGHHGLYNVYVHADPSATVAAPGGVFAGRFIAAKKTQRASPTLISAARRLLATALLDDASNSYFALVSQHCIPLHSFRYMYDYLFRPPSSLPLYRSFIEVSSIKPNLWDRYGARGKDVMLPEVPFERFRAGSQFFTLTRQHAQVVVRDRRLWRKFKLPCYKCYPEEHYFPTLLSM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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