当前解析结果
SmilChr08G002788| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002788 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002788 |
| 描述 | glycosyltransferase BC10-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 27585693 - 27589590 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130997408 |
|---|---|
| GeneID | 130997408 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997408 |
| 原始查询 | SmilChr08G002788 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glycosyltransferase BC10-like |
| 产物 | glycosyltransferase BC10-like |
| Arabidopsis | AT5G22070 (AT5G22070)Core-2/I-branching beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832268] identity=57.8; qcov=1.09; evalue=7.03e-133; confidence=high |
| Rice | Os03g0648100- identity=60.8; qcov=1.05; evalue=2.09e-135; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0016757 (glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02485 (Branch) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997408 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057778685.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057778685.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057778685.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057778685.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057778685.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:27586030 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A15 |
Chr8:27586237 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B66,B8 |
Chr8:27586247 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr8:27586271 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B127 |
Chr8:27586469 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr8:27586517 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C52 |
Chr8:27586761 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr8:27586854 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B33,B49,C32,C68 |
Chr8:27586903 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A6,B117,C14,C25 |
Chr8:27586981 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B130 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778685.1PF02485
Branch 65-300 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778685.1 |
Pfam | PF02485 |
Branch | Family | 65 | 300 | 1.4e-62 | 212.2 | Core-2/I-Branching enzyme |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。