当前解析结果
SmilChr08G002789| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002789 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002789 |
| 描述 | uncharacterized protein At3g28850 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 27591808 - 27593213 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130997409 |
|---|---|
| GeneID | 130997409 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997409 |
| 原始查询 | SmilChr08G002789 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Glutaredoxin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831671]; symbol=AT5G01420; hit=AT5G01420; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | Glutaredoxin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831671]; symbol=AT5G01420; hit=AT5G01420; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT5G01420 (AT5G01420)Glutaredoxin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831671] identity=41.6; qcov=1.23; evalue=2.79e-77; confidence=medium |
| Rice | Os03g0648800 (OsGRL7)- identity=49.1; qcov=0.707; evalue=3.57e-61; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00462 (Glutaredoxin); PF23733 (GRXCR1-2_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997409 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057778687.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057778687.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057778687.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057778687.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057778687.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:27592323 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr8:27592454 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B90,B92,C31 |
Chr8:27592462 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B75,C73 |
Chr8:27592524 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B90,B92,C31 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778687.1PF00462
Glutaredoxin 188-254 aa
PF23733
GRXCR1-2_C 285-331 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778687.1 |
Pfam | PF00462 |
Glutaredoxin | Domain | 188 | 254 | 1.9e-12 | 47.9 | Glutaredoxin |
XP_057778687.1 |
Pfam | PF23733 |
GRXCR1-2_C | Domain | 285 | 331 | 2.3e-15 | 56.9 | GRXCR1/2, C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。