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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002797

染色体: Chr08 坐标: 27688348-27706041 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002797
名称SmilChr08G002797
描述ubiquitin C-terminal hydrolase 12-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向27688348 - 27706041 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997416
GeneID130997416
locus_tag-
NCBI NameLOC130997416
原始查询SmilChr08G002797

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ubiquitin C-terminal hydrolase 12-like
产物ubiquitin C-terminal hydrolase 12-like
ArabidopsisAT5G06600 (UBP12)
ubiquitin-specific protease 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830548]
identity=82.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0771400 (OsM2)
-
identity=70.8; qcov=0.849; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004197 (cysteine-type endopeptidase activity); GO:0004843 (cysteine-type deubiquitinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0016579 (protein deubiquitination); GO:0031647 (regulation of protein stability)
KEGGsmil03083 (Polycomb repressive complex - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00443 (UCH); PF00917 (MATH); PF12436 (USP7_ICP0_bdg); PF13423 (UCH_1); PF14533 (USP7_C2); PF22486 (MATH_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997416

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778702.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057778702.1
3 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057778702.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057778702.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778702.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:27693013 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr8:27693030 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr8:27693195 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B8
Chr8:27693273 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr8:27695916 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C87
Chr8:27696322 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr8:27696440 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C24,C59,C84
Chr8:27696526 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C19
Chr8:27698651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr8:27700633 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,B28
Chr8:27700654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr8:27700768 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778702.1
1117 aa
N
1
558
1117
MATH_2
MATH
UCH_1
UCH
USP7_ICP0_bdg
USP7_C2
C
PF22486 MATH_2 56-179 aa PF00917 MATH 61-181 aa PF13423 UCH_1 199-474 aa PF00443 UCH 199-520 aa PF12436 USP7_ICP0_bdg 624-876 aa PF14533 USP7_C2 886-1096 aa
XP_057778704.1
1116 aa
N
1
558
1116
MATH_2
MATH
UCH_1
UCH
USP7_ICP0_bdg
USP7_C2
C
PF22486 MATH_2 55-178 aa PF00917 MATH 60-180 aa PF13423 UCH_1 198-473 aa PF00443 UCH 198-519 aa PF12436 USP7_ICP0_bdg 623-875 aa PF14533 USP7_C2 885-1095 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778702.1 Pfam PF22486 MATH_2 Domain 56 179 2e-39 135.7 MATH domain
XP_057778702.1 Pfam PF00917 MATH Domain 61 181 5.1e-17 62.9 MATH domain
XP_057778702.1 Pfam PF13423 UCH_1 Domain 199 474 4.2e-16 60.2 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057778702.1 Pfam PF00443 UCH Family 199 520 1.1e-59 202.8 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057778702.1 Pfam PF12436 USP7_ICP0_bdg Family 624 876 7.2e-78 262.0 ICP0-binding domain of Ubiquitin-specific protease 7
XP_057778702.1 Pfam PF14533 USP7_C2 Family 886 1096 2.1e-54 185.0 Ubiquitin-specific protease C-terminal
XP_057778704.1 Pfam PF22486 MATH_2 Domain 55 178 2e-39 135.7 MATH domain
XP_057778704.1 Pfam PF00917 MATH Domain 60 180 5e-17 62.9 MATH domain
XP_057778704.1 Pfam PF13423 UCH_1 Domain 198 473 4.2e-16 60.2 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057778704.1 Pfam PF00443 UCH Family 198 519 1.1e-59 202.8 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057778704.1 Pfam PF12436 USP7_ICP0_bdg Family 623 875 7.2e-78 262.0 ICP0-binding domain of Ubiquitin-specific protease 7
XP_057778704.1 Pfam PF14533 USP7_C2 Family 885 1095 2.1e-54 185.1 Ubiquitin-specific protease C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922719.1
TTTTATCTCTGGATCGATCACTACTATTATTTACTCTCAGCCCCCTTCTCTTCTCCATTTTATTTTTCACACAAAAACTCACAAAATCTTGAAATTTCTGTATAATAATCCCCGATTAATCGATCGCGCTTCCTCAGTTTAGTTCCATGACTCTTCTTACACCTCCCCCAATCGACCAGGCAGAAGGCGAGCAGATGCTGGTACCGCATGCTGATTTTGCCCCAGACGGTCCTCAACCTATGGAAGTTGCTCCCTCTGAA...
XM_057922721.1
TGGATCGATCACTACTATTATTTACTCTCAGCCCCCTTCTCTTCTCCATTTTATTTTTCACACAAAAACTCACAAAATCTTGAAATTTCTGTATAATAATCCCCGATTAATCGATCGCGCTTCCTCAGTTTAGTTCCATGACTCTTCTTACACCTCCCCCAATCGACGCAGAAGGCGAGCAGATGCTGGTACCGCATGCTGATTTTGCCCCAGACGGTCCTCAACCTATGGAAGTTGCTCCCTCTGAAGCAACAACAAAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130997416
ATGACTCTTCTTACACCTCCCCCAATCGACCAGGCAGAAGGCGAGCAGATGCTGGTACCGCATGCTGATTTTGCCCCAGACGGTCCTCAACCTATGGAAGTTGCTCCCTCTGAAGCAACAACAAATGCCGTGGATGCACAAGTGGTAGATGAACCGCCATCTGCACGGTTTACTTGGAAAATCGAGAATTTCTCGAAGGTGAACATGAAGAAACAATATTCTGATGTTTTCCTTGTTGGAGGATACAAATGGAGAATTCT...
LOC130997416
ATGACTCTTCTTACACCTCCCCCAATCGACGCAGAAGGCGAGCAGATGCTGGTACCGCATGCTGATTTTGCCCCAGACGGTCCTCAACCTATGGAAGTTGCTCCCTCTGAAGCAACAACAAATGCCGTGGATGCACAAGTGGTAGATGAACCGCCATCTGCACGGTTTACTTGGAAAATCGAGAATTTCTCGAAGGTGAACATGAAGAAACAATATTCTGATGTTTTCCTTGTTGGAGGATACAAATGGAGAATTCTTAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057778702.1
MTLLTPPPIDQAEGEQMLVPHADFAPDGPQPMEVAPSEATTNAVDAQVVDEPPSARFTWKIENFSKVNMKKQYSDVFLVGGYKWRILTFPKGNNVDHLSMYLDVADSSTLPYGWSRYAQFSLSVINQIHSKFTIRKDTQHQFNSRESDWGFTSFMPLSELYDPGRGYLVNDTCIIEADVAVRKVVDYWSHDSKKETGYVGLKNQGATCYMNSLLQTLYHIPYFRKAVYHMPTTENDNPSGSIPLALQSLFYKLQYSDTSV...
XP_057778704.1
MTLLTPPPIDAEGEQMLVPHADFAPDGPQPMEVAPSEATTNAVDAQVVDEPPSARFTWKIENFSKVNMKKQYSDVFLVGGYKWRILTFPKGNNVDHLSMYLDVADSSTLPYGWSRYAQFSLSVINQIHSKFTIRKDTQHQFNSRESDWGFTSFMPLSELYDPGRGYLVNDTCIIEADVAVRKVVDYWSHDSKKETGYVGLKNQGATCYMNSLLQTLYHIPYFRKAVYHMPTTENDNPSGSIPLALQSLFYKLQYSDTSVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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