当前解析结果
SmilChr08G002808| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002808 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002808 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G002808 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 27920898 - 27924449 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130997445 |
|---|---|
| GeneID | 130997445 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997445 |
| 原始查询 | SmilChr08G002808 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os07g0185800; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os07g0185800; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT2G14045 (AT2G14045)c-Myc-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815889] identity=73.7; qcov=0.872; evalue=3.88e-43; confidence=medium |
| Rice | Os07g0185800- identity=73.3; qcov=0.826; evalue=3.38e-45; confidence=medium |
| GO | GO:0003713 (transcription coactivator activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF29056 (MYCBP_helical) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997445 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057778753.1 |
| 2 | Cell projection | 细胞突起 | 1.00000 | XP_057778753.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057778753.1 |
| 4 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.20000 | XP_057778753.1 |
| 5 | Cilium | 纤毛 | 0.20000 | XP_057778753.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:27922110 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B140,B57,C82,D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778753.1PF29056
MYCBP_helical 4-80 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778753.1 |
Pfam | PF29056 |
MYCBP_helical | Domain | 4 | 80 | 5.8e-29 | 100.6 | c-Myc-binding protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。