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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002808

染色体: Chr08 坐标: 27920898-27924449 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002808
名称SmilChr08G002808
描述uncharacterized SmilChr08G002808
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向27920898 - 27924449 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997445
GeneID130997445
locus_tag-
NCBI NameLOC130997445
原始查询SmilChr08G002808

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os07g0185800; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os07g0185800; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT2G14045 (AT2G14045)
c-Myc-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815889]
identity=73.7; qcov=0.872; evalue=3.88e-43; confidence=medium
RiceOs07g0185800
-
identity=73.3; qcov=0.826; evalue=3.38e-45; confidence=medium
GOGO:0003713 (transcription coactivator activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF29056 (MYCBP_helical)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997445

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057778753.1
2 Cell projection 细胞突起 1.00000 XP_057778753.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057778753.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057778753.1
5 Cilium 纤毛 0.20000 XP_057778753.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:27922110 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B57,C82,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778753.1
109 aa
N
1
54
109
MYCBP_helical
C
PF29056 MYCBP_helical 4-80 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778753.1 Pfam PF29056 MYCBP_helical Domain 4 80 5.8e-29 100.6 c-Myc-binding protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922770.1
TCCCCTCAATATTTATGTAACCCCAACCATCATTATTAAGTAGCTCGTACAGAAACCGTGATCTCTCTGTCTCTCTCACCCACACAACTGCAAATAGAAATAATTCTTGTAATAAGGCAAAGGCTCTTGTTCTACAATACGGGGCGAGGAGTTTTGAAGTGGCTAATGCTCTGAAAGGACATGGAAAAGGAAGCGAAGAAGGAAGCTTTTAGAAAGTACCTTGAATCCAGTGGAGTTCTTGATGCTCTAACAAAAGTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997445
ATGGAAAAGGAAGCGAAGAAGGAAGCTTTTAGAAAGTACCTTGAATCCAGTGGAGTTCTTGATGCTCTAACAAAAGTTCTTGTCGCACTGTACGAGCAGAATGACAAACCTTCTTCAGCTACTGAGTTCATCCAGCAAAAACTAGGAGGTCCAACCCTGTCGGAATATGAAAAGCTGCAAACTGAATTATCTGATCTACAAATACGATATAATGAGCTTTTGGCTGCACATCAAGAGAAGTCCCGAGAGTACGAGGAACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778753.1
MEKEAKKEAFRKYLESSGVLDALTKVLVALYEQNDKPSSATEFIQQKLGGPTLSEYEKLQTELSDLQIRYNELLAAHQEKSREYEELKNTHIQASMNESAEDAQSGKPT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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