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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002809`

染色体: Chr08 坐标: 27932971-27942430 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002809`
名称	SmilChr08G002809
描述	homeobox-DDT domain protein RLT3
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	27932971 - 27942430 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997421`
GeneID	`130997421`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997421`
原始查询	`SmilChr08G002809`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	homeobox-DDT domain protein RLT3
产物	homeobox-DDT domain protein RLT3
Arabidopsis	`AT4G12750` (AT4G12750) Homeodomain-like transcriptional regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826887] identity=45.8; qcov=0.962; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0562400` - identity=27.3; qcov=0.511; evalue=2.01e-38; confidence=low
GO	GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II)
KEGG	-
Pfam	PF02791 (DDT); PF15612 (WHIM1); PF15613 (WSD); PF31066 (DUF8799)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997421

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057778716.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778716.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778716.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057778716.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057778716.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:27933202`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr8:27934669`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C64
`Chr8:27934774`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr8:27934828`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C39,C83
`Chr8:27934953`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C64,C66
`Chr8:27939254`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr8:27939479`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr8:27939866`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr8:27939963`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr8:27940191`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr8:27940235`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr8:27940517`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778716.1

1089 aa

544

1089

DDT

WHIM1

WSD

DUF8799

PF02791 DDT 328-383 aa PF15612 WHIM1 603-635 aa PF15613 WSD 731-802 aa PF31066 DUF8799 967-1030 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778716.1`	Pfam	`PF02791`	DDT	Family	328	383	2.5e-08	34.6	DDT domain
`XP_057778716.1`	Pfam	`PF15612`	WHIM1	Motif	603	635	2.3e-07	30.9	WSTF, HB1, Itc1p, MBD9 motif 1
`XP_057778716.1`	Pfam	`PF15613`	WSD	Family	731	802	1.2e-20	74.1	Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif
`XP_057778716.1`	Pfam	`PF31066`	DUF8799	Domain	967	1030	9.7e-16	58.1	Domain of unknown function (DUF8799)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922733.1
AATAAACGGAGAAATATCCCAAACAAAAAACCCAAAACCCTACCTGTTAAAACCCTGCCCTCCATTTCCCAGCTCTCTCACTCTTGCTAAGAGAGAGAAACAAAAACACACAGATAGAGAGAGAGAGACTGAGCTACTCTCCTCAGTCCTCATTCGCCACCGCCCCTACAATGGATAATTCAGCTCAATAAAGCTTGAAACGAAACTAATTATGGCAAACAAAAAGGGAAAGAAAAATCGGCAGAGGAGTAATCAGGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997421
ATGGCAAACAAAAAGGGAAAGAAAAATCGGCAGAGGAGTAATCAGGAATTCGGAAATGGCAAAGGAATTCATAATTCGCGAAGCAGAGCTGCTGATCAGAAGACGAAGAGCAAGCGGAATCAACAGATATTTATGAATGAGGATGATTACAGGCACCGGCTGCAGGAGGTTTTGTACACTCCGGCGGATATCTTCGCCAAAATTTTCAGGAAGGACGGTCCCCCGCTCGGCGATGAATTTGATTCTCTTCCGTCTAATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778716.1
MANKKGKKNRQRSNQEFGNGKGIHNSRSRAADQKTKSKRNQQIFMNEDDYRHRLQEVLYTPADIFAKIFRKDGPPLGDEFDSLPSNAFPGGPRRSHLEENRLYKRRKVSMHANDAMSDYETCCEGSPHVQRHGMGKGPMTAHGGPVKKYGMGKGLMTKDSVRRNKYGIGKGLMMIGRGTNPGARDLQYGACSSGSVIQKKKKRAQPRESILKKLANRERAKRKASLRCKKVEPQKILKRKKPHKEKCELALEEMNCIENT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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