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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002825

染色体: Chr08 坐标: 28103048-28110724 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002825
名称SmilChr08G002825
描述inositol phosphorylceramide glucuronosyltransferase 1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向28103048 - 28110724 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997425
GeneID130997425
locus_tag-
NCBI NameLOC130997425
原始查询SmilChr08G002825

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述inositol phosphorylceramide glucuronosyltransferase 1
产物inositol phosphorylceramide glucuronosyltransferase 1
ArabidopsisAT5G18480 (PGSIP6)
plant glycogenin-like starch initiation protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831966]
identity=67.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0624400
-
identity=61.3; qcov=0.955; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF01501 (Glyco_transf_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997425

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057778723.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057778723.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057778723.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778723.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778723.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:28103349 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,B95
Chr8:28105083 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr8:28105305 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B37,B42,B43,B97
Chr8:28105440 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C22,C4,D11
Chr8:28106675 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778723.1
538 aa
N
1
269
538
Glyco_transf_8
C
PF01501 Glyco_transf_8 37-141 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778723.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 37 141 7.7e-13 49.3 Glycosyl transferase family 8

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922740.1
TAAGTAAGATAAGTAGCGAGAGTTGACGAAAATTGTCAAGTTTGAACATCTACAGCGGAGACGCACAGACGACAACCTAGACCACGCCAACTTTCTGATTATATTATCATCAAAATCATTACATGTACGTGAAATATACTGATTTCAAATCGATACATATTCCCTCACTCCCAAATTTTCATCAGATCTTTATCACCAAATTCGCACGACTACGATGTCGAGTACGTGGAGATTAGGGTTTATTTGTTGGGTATCAATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997425
ATGTCGAGTACGTGGAGATTAGGGTTTATTTGTTGGGTATCAATTGTATCGATATTGATTGGATTTGATGGAGCTTTGGGATCTCAGAATTCAGAAGAAGCATACGTCACGCTTCTCTACGGTGATGAATTCCTGCTTGGCGTCCGAGTATTGGGGAAGTCGATTCGGGACACGGGTTCCACCAAAGATATGGTTGCTTTGGTCTCTGATGGAGTTTCCGATTATGCTAAGGAGCTGCTTCAGGCTGATGGCTGGATTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778723.1
MSSTWRLGFICWVSIVSILIGFDGALGSQNSEEAYVTLLYGDEFLLGVRVLGKSIRDTGSTKDMVALVSDGVSDYAKELLQADGWIVKTISLLENPNQIRPTRFWGVYTKLKIFDMTDYKKVVYLDADTIVVKNIEDLFKCQKFCANLKHSERLNSGVMVVEPSEEVFKDMSSKINTMYSYTGGDQGFLNSYFPDFANARLFDPHASQEELKSRPVPQMERLSTIYNADVGLYMLANKWMVDEKELRVIHYTLGPLKPWD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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