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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002833`

染色体: Chr08 坐标: 28213330-28219511 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002833`
名称	SmilChr08G002833
描述	diphthine--ammonia ligase
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	28213330 - 28219511 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997423`
GeneID	`130997423`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997423`
原始查询	`SmilChr08G002833`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	diphthine--ammonia ligase
产物	diphthine--ammonia ligase
Arabidopsis	`AT3G04480` (AT3G04480) endoribonuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819604] identity=59.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0810450` - identity=53.3; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0017178 (diphthine-ammonia ligase activity); GO:0017183 (protein histidyl modification to diphthamide)
KEGG	-
Pfam	PF01042 (Ribonuc_L-PSP); PF01902 (Diphthami_syn_2_N); PF28410 (Diphthami_syn_2_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997423

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057778720.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057778720.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778720.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778720.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778720.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:28215805`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr8:28216783`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4
`Chr8:28216886`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B108,B95
`Chr8:28216909`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B13,B136,C9,D6
`Chr8:28216922`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A3,B132,B28,B29,C6
`Chr8:28216983`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A19,B13,C9,D6
`Chr8:28217017`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C8,D7
`Chr8:28218057`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr8:28219160`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B61
`Chr8:28219163`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B63,B91,C7
`Chr8:28219316`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B78
`Chr8:28219316`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778720.1

744 aa

372

744

Diphthami_syn_2_N

Diphthami_syn_2_C

Ribonuc_L-PSP

PF01902 Diphthami_syn_2_N 1-134 aa PF28410 Diphthami_syn_2_C 148-226 aa PF01042 Ribonuc_L-PSP 329-402 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778720.1`	Pfam	`PF01902`	Diphthami_syn_2_N	Domain	1	134	5.3e-17	62.6	Diphthamide synthase N-terminal domain
`XP_057778720.1`	Pfam	`PF28410`	Diphthami_syn_2_C	Domain	148	226	1e-09	39.1	Diphthamide synthase C-terminal domain
`XP_057778720.1`	Pfam	`PF01042`	Ribonuc_L-PSP	Domain	329	402	7.5e-18	65.4	Endoribonuclease L-PSP

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922737.1
CTAGCGTGATTCTCTTCCAGTTTCCAAATAAAGTAGGATATATGACGTGGCTCAGAACCTTTGTCTGGAATGCTATTGGTCCGCTTCGCTGAAACTGAAAGTGGACTCTAAACCCTAGTCAATTCAACCGCCGGAACCACGCCGGCGCCGACGATGAAGGTAGTGGCGCTAGTCAGTGGCGGTAAGGACAGTTGCTATGCGATGATGAAATGCCAGCAGTACGGTCATCAGATTGTGGCGCTGGCGAATTTGATGCCTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997423
ATGAAGGTAGTGGCGCTAGTCAGTGGCGGTAAGGACAGTTGCTATGCGATGATGAAATGCCAGCAGTACGGTCATCAGATTGTGGCGCTGGCGAATTTGATGCCTATTGATGAAGATCAAGATGAGCTCGATAGCTACATGTATCAGACAGTGGGACACCAAATAGTTGTAAGCTACGCACAATGCATGGGGATTCCATTGTTTAGGAGACGAATTCAAGGAACTACAAGGCATCATGGCCTTAGCTACAATATGACTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778720.1
MKVVALVSGGKDSCYAMMKCQQYGHQIVALANLMPIDEDQDELDSYMYQTVGHQIVVSYAQCMGIPLFRRRIQGTTRHHGLSYNMTPGDEVEDMLILLKEVKRQIPSISAVSSGAIASDYQRLRVESVCSRLGIVSLSYLWKQDQSLLLQEMIRSGVIAITVKVAAIGLVPSKHLGKELTHLESHLHKLKELYGINVCGEGGEYETLTLDCPLFKNARIVLDKFEVILHSSDQIAPVGVLHPLEYHLEKKLVPLSNTDND...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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