当前解析结果
SmilChr08G002834| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002834 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002834 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G002834 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 28222044 - 28227028 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130997424 |
|---|---|
| GeneID | 130997424 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997424 |
| 原始查询 | SmilChr08G002834 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819603]; symbol=AT3G04470; hit=AT3G04470; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819603]; symbol=AT3G04470; hit=AT3G04470; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT3G04470 (AT3G04470)Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819603] identity=74.12; qcov=0.944; evalue=0.0; confidence=high |
| Rice | Os02g0810100 (OJ1112_G06.34)- identity=68.7; qcov=0.986; evalue=0.0; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF11904 (ANKRD13_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997424 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057778722.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057778722.1 |
| 3 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.20000 | XP_057778722.1 |
| 4 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057778722.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:28223056 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A23,B63,B91 |
Chr8:28223341 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,B95 |
Chr8:28223565 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B103,B89,B99,C28 |
Chr8:28223686 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B90,B92 |
Chr8:28223924 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B57 |
Chr8:28223964 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B106,B61,C87 |
Chr8:28224174 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C10 |
Chr8:28224174 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C10 |
Chr8:28226462 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B117,C14,C25 |
Chr8:28226635 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:28226741 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778722.1PF11904
ANKRD13_C 184-615 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778722.1 |
Pfam | PF11904 |
ANKRD13_C | Domain | 184 | 615 | 3.9e-120 | 402.0 | ANKRD13 C-terminal |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。