当前解析结果
SmilChr08G002848| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002848 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002848 |
| 描述 | bidirectional sugar transporter SWEET17-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 28322965 - 28324641 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130997462 |
|---|---|
| GeneID | 130997462 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997462 |
| 原始查询 | SmilChr08G002848 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | bidirectional sugar transporter SWEET17-like |
| 产物 | bidirectional sugar transporter SWEET17-like |
| Arabidopsis | AT4G15920 (SWEET17)Nodulin MtN3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827274] identity=58.3; qcov=0.895; evalue=1.47e-79; confidence=high |
| Rice | Os01g0606000 (OsSWEET6a)- identity=42.3; qcov=0.974; evalue=1.19e-52; confidence=medium |
| GO | GO:0008643 (carbohydrate transport); GO:0016020 (membrane); GO:0051119 (sugar transmembrane transporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03083 (MtN3_slv) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997462 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057778756.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057778756.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.60000 | XP_057778756.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057778756.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057778756.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:28323129 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B123 |
Chr8:28323739 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B77,C19 |
Chr8:28324107 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B123,B27 |
Chr8:28324107 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B123,B27 |
Chr8:28324208 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B40 |
Chr8:28324496 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B12,B51,C35 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778756.1PF03083
MtN3_slv 7-91 aa
PF03083
MtN3_slv 129-210 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778756.1 |
Pfam | PF03083 |
MtN3_slv | Repeat | 7 | 91 | 1.3e-49 | 166.8 | Sugar efflux transporter for intercellular exchange |
XP_057778756.1 |
Pfam | PF03083 |
MtN3_slv | Repeat | 129 | 210 | 1.3e-49 | 166.8 | Sugar efflux transporter for intercellular exchange |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。