当前解析结果
SmilChr08G002850| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002850 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002850 |
| 描述 | bidirectional sugar transporter SWEET16-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 28342571 - 28344180 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130997464 |
|---|---|
| GeneID | 130997464 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997464 |
| 原始查询 | SmilChr08G002850 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | bidirectional sugar transporter SWEET16-like |
| 产物 | bidirectional sugar transporter SWEET16-like |
| Arabidopsis | AT3G16690 (SWEET16)Nodulin MtN3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820921] identity=42.1; qcov=0.99; evalue=1.72e-47; confidence=medium |
| Rice | Os01g0606000 (OsSWEET6a)- identity=36.5; qcov=0.98; evalue=9.4e-44; confidence=medium |
| GO | GO:0008643 (carbohydrate transport); GO:0016020 (membrane); GO:0051119 (sugar transmembrane transporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03083 (MtN3_slv) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997464 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057778759.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057778759.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.20000 | XP_057778759.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057778759.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057778759.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:28342669 |
GGC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 167 | A10,A11,A13,A18,A19,A2,A21,A24,A3,A4,A5,A7,A8,B10,B101,B102,B103,B104,B106,B107,B108,B11,B111,B112,B113,B115,B117,B118,B119,B12,B121,B122,B124,B125,B126,B128,B129,B132,B133,B136,B138,B139,B140,B19,B20,B22,B23,B24,B25,B27,B28,B3,B30,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B42,B43,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B58,B60,B62,B64,B65,B66,B7,B70,B71,B73,B75,B77,B79,B80,B81,B85,B87,B89,B90,B92,B93,B94,B96,B97,B98,B99,C10,C11,C12,C13,C16,C17,C19,C2,C20,C22,C24,C26,C27,C28,C29,C31,C32,C33,C35,C36,C38,C39,C40,C41,C42,C44,C46,C47,C5,C50,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C63,C64,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C74,C76,C77,C78,C79,C80,C81,C83,C85,C86,C87,C9,D3,D6,D8,D9 |
Chr8:28342672 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 167 | A10,A11,A13,A18,A19,A2,A21,A24,A3,A4,A5,A7,A8,B10,B101,B102,B103,B104,B106,B107,B108,B11,B111,B112,B113,B115,B117,B118,B119,B12,B121,B122,B124,B125,B126,B128,B129,B132,B133,B136,B138,B139,B140,B19,B20,B22,B23,B24,B25,B27,B28,B3,B30,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B42,B43,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B58,B60,B62,B64,B65,B66,B7,B70,B71,B73,B75,B77,B79,B80,B81,B85,B87,B89,B90,B92,B93,B94,B96,B97,B98,B99,C10,C11,C12,C13,C16,C17,C19,C2,C20,C22,C24,C26,C27,C28,C29,C31,C32,C33,C35,C36,C38,C39,C40,C41,C42,C44,C46,C47,C5,C50,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C63,C64,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C74,C76,C77,C78,C79,C80,C81,C83,C85,C86,C87,C9,D3,D6,D8,D9 |
Chr8:28342887 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:28343153 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C8,D7 |
Chr8:28343250 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B108,B12 |
Chr8:28343416 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:28343479 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778759.1PF03083
MtN3_slv 2-66 aa
PF03083
MtN3_slv 101-184 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778759.1 |
Pfam | PF03083 |
MtN3_slv | Repeat | 2 | 66 | 3.2e-43 | 146.4 | Sugar efflux transporter for intercellular exchange |
XP_057778759.1 |
Pfam | PF03083 |
MtN3_slv | Repeat | 101 | 184 | 3.2e-43 | 146.4 | Sugar efflux transporter for intercellular exchange |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。