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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002859

染色体: Chr08 坐标: 28425021-28429158 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002859
名称SmilChr08G002859
描述glycine-rich domain-containing protein 1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向28425021 - 28429158 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997472
GeneID130997472
locus_tag-
NCBI NameLOC130997472
原始查询SmilChr08G002859

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycine-rich domain-containing protein 1
产物glycine-rich domain-containing protein 1
ArabidopsisAT1G56230 (AT1G56230)
enolase (DUF1399) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842076]
identity=55.5; qcov=0.957; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0347100
-
identity=44.5; qcov=0.795; evalue=1.03e-130; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF07173 (GRDP-like); PF25335 (GRDP_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997472

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057778770.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057778767.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057778767.1
4 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057778767.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778767.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:28425144 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 23 A18,B103,B104,B119,B126,B138,B140,B5,B73,B89,B93,B99,C11,C16,C19,C47,C49,C69,C77,C8,D11,D2,D7
Chr8:28425160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr8:28425285 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:28425309 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B107
Chr8:28425419 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B73
Chr8:28425474 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,B55,C60
Chr8:28425495 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr8:28425632 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B117,B20,B70
Chr8:28426072 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:28426106 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B33,B49,C32,C68
Chr8:28426375 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr8:28426483 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778767.1
761 aa
N
1
380
761
GRDP-like
GRDP_C
C
PF07173 GRDP-like 98-232 aa PF25335 GRDP_C 470-651 aa
XP_057778768.1
759 aa
N
1
380
759
GRDP-like
GRDP_C
C
PF07173 GRDP-like 98-232 aa PF25335 GRDP_C 470-649 aa
XP_057778770.1
557 aa
N
1
278
557
GRDP-like
GRDP_C
C
PF07173 GRDP-like 98-232 aa PF25335 GRDP_C 470-534 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778767.1 Pfam PF07173 GRDP-like Family 98 232 1.6e-45 156.0 Glycine-rich domain-containing protein-like
XP_057778767.1 Pfam PF25335 GRDP_C Domain 470 651 2.3e-50 171.2 Glycine Rich Domain Protein C-terminal domain
XP_057778768.1 Pfam PF07173 GRDP-like Family 98 232 1.7e-45 156.0 Glycine-rich domain-containing protein-like
XP_057778768.1 Pfam PF25335 GRDP_C Domain 470 649 1.2e-50 172.1 Glycine Rich Domain Protein C-terminal domain
XP_057778770.1 Pfam PF07173 GRDP-like Family 98 232 5.9e-46 157.4 Glycine-rich domain-containing protein-like
XP_057778770.1 Pfam PF25335 GRDP_C Domain 470 534 1.2e-12 49.0 Glycine Rich Domain Protein C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093098.1
CATCTACGCATAGACCAAAGTCTCCATCACCCACTCCGAGAATCAGACAGCAACCTGTGTCACTATTAATATAAAAAATGTTGTTCAATTAACGAATGAAATTTAAATAATCTGGGACTCCAGTCTGAAGCTCAATCAAAACAAAGTCCGTGAAAAAGGAGAGAGGAAAATGTCGGCTTCAGCTTCGATGAGAACACTCAGCGCGATATCAGAGGACGAAACTGTGCGCTTCAGCGTCGACCTTGTTGCTGCTGCTAGAA...
XM_057922787.1
CATCTACGCATAGACCAAAGTCTCCATCACCCACTCCGAGAATCAGACAGCAACCTGTGTCACTATTAATATAAAAAATGTTGTTCAATTAACGAATGAAATTTAAATAATCTGGGACTCCAGTCTGAAGCTCAATCAAAACAAAGTCCGTGAAAAAGGAGAGAGGAAAATGTCGGCTTCAGCTTCGATGAGAACACTCAGCGCGATATCAGAGGACGAAACTGTGCGCTTCAGCGTCGACCTTGTTGCTGCTGCTAGAA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130997472
ATGTCGGCTTCAGCTTCGATGAGAACACTCAGCGCGATATCAGAGGACGAAACTGTGCGCTTCAGCGTCGACCTTGTTGCTGCTGCTAGAAGAAATCTCGCTCTTTTCAGATCGCTCTCCGATTCTCACTGCCTTAATCACAAACCCACTATTTTGGAAGCTATTAGAAGGTACGATGAGATATGGATGCCATTGATTGCTGATCTCACAACGGGCTCGAAGCCTCCAATGATTCTTCCACCTCTTGATGTTGAATGGGT...
LOC130997472
ATGTCGGCTTCAGCTTCGATGAGAACACTCAGCGCGATATCAGAGGACGAAACTGTGCGCTTCAGCGTCGACCTTGTTGCTGCTGCTAGAAGAAATCTCGCTCTTTTCAGATCGCTCTCCGATTCTCACTGCCTTAATCACAAACCCACTATTTTGGAAGCTATTAGAAGGTACGATGAGATATGGATGCCATTGATTGCTGATCTCACAACGGGCTCGAAGCCTCCAATGATTCTTCCACCTCTTGATGTTGAATGGGT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057778767.1
MSASASMRTLSAISEDETVRFSVDLVAAARRNLALFRSLSDSHCLNHKPTILEAIRRYDEIWMPLIADLTTGSKPPMILPPLDVEWVWFCHTLNWADYRDYCESRFSKLIGKPNIFDEENEEYALDRCMKIWEHKFQSEPFENEADDIVENYSSSFSEDLLDQVSKCRNLCRMYAEPYYCEMVYLVAAKQRYRGFIYMLHRFGDECSCIVPTSDVYLMWLTHQSYPTVYAVDIKELEGDVQKIVGVGDDMKEEETEETKM...
XP_057778768.1
MSASASMRTLSAISEDETVRFSVDLVAAARRNLALFRSLSDSHCLNHKPTILEAIRRYDEIWMPLIADLTTGSKPPMILPPLDVEWVWFCHTLNWADYRDYCESRFSKLIGKPNIFDEENEEYALDRCMKIWEHKFQSEPFENEADDIVENYSSSFSEDLLDQVSKCRNLCRMYAEPYYCEMVYLVAAKQRYRGFIYMLHRFGDECSCIVPTSDVYLMWLTHQSYPTVYAVDIKELEGDVQKIVGVGDDMKEEETEETKM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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