Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002864

染色体: Chr08 坐标: 28464497-28468004 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002864
名称SmilChr08G002864
描述uncharacterized SmilChr08G002864
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向28464497 - 28468004 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997475
GeneID130997475
locus_tag-
NCBI NameLOC130997475
原始查询SmilChr08G002864

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819729]; symbol=AT3G05625; hit=AT3G05625; species=arabidopsis; confidence=high
产物Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819729]; symbol=AT3G05625; hit=AT3G05625; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G05625 (AT3G05625)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819729]
identity=78.2; qcov=0.779; evalue=6.39e-122; confidence=high
RiceOs01g0343500
-
identity=54.5; qcov=0.244; evalue=2.06e-12; confidence=weak
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0009507 (chloroplast)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997475

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057778772.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057778772.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.40000 XP_057778772.1
4 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.20000 XP_057778772.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778772.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:28465903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr8:28466371 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B60,B64,C72
Chr8:28466389 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B27,B6,C33,C4
Chr8:28466391 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C77
Chr8:28466888 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 21 A18,A19,A9,B103,B136,B138,B54,B55,B58,B61,B74,B8,C25,C39,C46,C54,C58,C75,C81,D3,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922789.1
AGTGTGACACAATCAACTGTGGAGAAGAGGATCCCATCCGGAAAGTAAAACACCGTTAAACTTAAAAGGTGAAGGACTGAAGGGATAAAAAGAAAGAGAAGAAGCTCGGCTACAAATAAATATATCGATACCTGTGTAGTTTAGCACCTCTCTTTGCTTCTCCCCCATTCCTAACCGAATTTCTCTCTTACAATGGCGGCAACCCACAGCATAAAAATCTCGAATCCAAACCCCTTACTATGCTTGCTGTGTACCTCGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997475
ATGGCGGCAACCCACAGCATAAAAATCTCGAATCCAAACCCCTTACTATGCTTGCTGTGTACCTCGTCGCCACCTCCATTTTCTGCAAAACTCCCAAACAATAACGTTTCTTATTTTTTCGGCGCCAGTCTTTCTAGAATTAGTGGTTACCAAAACTCGGCCCCGACGCTGTCAAAAAGGCTCGTTCTCACCTCAGTTGCTGGACTCTGGGACGCCTTAACCGGCGGCGACTCTGCTCGTGAAGCCGTCGCCGCTGTTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778772.1
MAATHSIKISNPNPLLCLLCTSSPPPFSAKLPNNNVSYFFGASLSRISGYQNSAPTLSKRLVLTSVAGLWDALTGGDSAREAVAAVRRGMLLFRQGDVQGSLAEFDKTIDLDPRQKVYLWQRGLSLYYLDRFEEGAEQFRLDVAQNPNDTEESIWCFLCEARLYGVDEARRRFLEVGVDPRPVMREAYRMFKDGGDPEKLVAAFSSGRESEYFYASLYAGLYYESENKSDEAKHHIIAACKSPYGSRSDDYMASLAKVHC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器