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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002873

染色体: Chr08 坐标: 28615634-28624903 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002873
名称SmilChr08G002873
描述uncharacterized SmilChr08G002873
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向28615634 - 28624903 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997480
GeneID130997480
locus_tag-
NCBI NameLOC130997480
原始查询SmilChr08G002873

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842084]; symbol=AT1G56310; hit=AT1G56310; species=arabidopsis; confidence=high
产物Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842084]; symbol=AT1G56310; hit=AT1G56310; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G56310 (AT1G56310)
Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842084]
identity=55.8; qcov=0.951; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0357100
-
identity=50.7; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0006139 (nucleobase-containing compound metabolic process); GO:0008408 (3'-5' exonuclease activity)
KEGG-
PfamPF01612 (DNA_pol_A_exo1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997480

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778780.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057778780.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057778780.1
4 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057778780.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778780.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:28615914 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr8:28617445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr8:28620809 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778780.1
581 aa
N
1
290
581
DNA_pol_A_exo1
C
PF01612 DNA_pol_A_exo1 363-533 aa
XP_057778781.1
574 aa
N
1
287
574
DNA_pol_A_exo1
C
PF01612 DNA_pol_A_exo1 356-526 aa
XP_057778782.1
574 aa
N
1
287
574
DNA_pol_A_exo1
C
PF01612 DNA_pol_A_exo1 356-526 aa
XP_057778783.1
574 aa
N
1
287
574
DNA_pol_A_exo1
C
PF01612 DNA_pol_A_exo1 356-526 aa
XP_057778784.1
574 aa
N
1
287
574
DNA_pol_A_exo1
C
PF01612 DNA_pol_A_exo1 356-526 aa
XP_057778785.1
574 aa
N
1
287
574
DNA_pol_A_exo1
C
PF01612 DNA_pol_A_exo1 356-526 aa
XP_057778786.1
574 aa
N
1
287
574
DNA_pol_A_exo1
C
PF01612 DNA_pol_A_exo1 356-526 aa
XP_057778787.1
574 aa
N
1
287
574
DNA_pol_A_exo1
C
PF01612 DNA_pol_A_exo1 356-526 aa
XP_057778788.1
567 aa
N
1
284
567
DNA_pol_A_exo1
C
PF01612 DNA_pol_A_exo1 349-519 aa
XP_057778789.1
567 aa
N
1
284
567
DNA_pol_A_exo1
C
PF01612 DNA_pol_A_exo1 349-519 aa
XP_057778790.1
567 aa
N
1
284
567
DNA_pol_A_exo1
C
PF01612 DNA_pol_A_exo1 349-519 aa
XP_057778791.1
567 aa
N
1
284
567
DNA_pol_A_exo1
C
PF01612 DNA_pol_A_exo1 349-519 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778780.1 Pfam PF01612 DNA_pol_A_exo1 Domain 363 533 2e-24 87.1 3'-5' exonuclease
XP_057778781.1 Pfam PF01612 DNA_pol_A_exo1 Domain 356 526 1.1e-24 87.9 3'-5' exonuclease
XP_057778782.1 Pfam PF01612 DNA_pol_A_exo1 Domain 356 526 1.9e-24 87.1 3'-5' exonuclease
XP_057778783.1 Pfam PF01612 DNA_pol_A_exo1 Domain 356 526 1.9e-24 87.1 3'-5' exonuclease
XP_057778784.1 Pfam PF01612 DNA_pol_A_exo1 Domain 356 526 1.9e-24 87.1 3'-5' exonuclease
XP_057778785.1 Pfam PF01612 DNA_pol_A_exo1 Domain 356 526 1.9e-24 87.1 3'-5' exonuclease
XP_057778786.1 Pfam PF01612 DNA_pol_A_exo1 Domain 356 526 1.9e-24 87.1 3'-5' exonuclease
XP_057778787.1 Pfam PF01612 DNA_pol_A_exo1 Domain 356 526 1.9e-24 87.1 3'-5' exonuclease
XP_057778788.1 Pfam PF01612 DNA_pol_A_exo1 Domain 349 519 1.1e-24 87.9 3'-5' exonuclease
XP_057778789.1 Pfam PF01612 DNA_pol_A_exo1 Domain 349 519 1.1e-24 87.9 3'-5' exonuclease
XP_057778790.1 Pfam PF01612 DNA_pol_A_exo1 Domain 349 519 1.1e-24 87.9 3'-5' exonuclease
XP_057778791.1 Pfam PF01612 DNA_pol_A_exo1 Domain 349 519 1.1e-24 87.9 3'-5' exonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

12 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922807.1
CCCAAAACTAATTCATTAAGTTATCGACAAAAAAGTTGCACCCAAAATTATCACCGCCACCGCAACCAAAACGGTGCGACTTCAACGGCGGTCGTCCTTACGGCTTTTCATTCTTTAATCATGGGAATGGACGGAAATCCAATACATAGGCAAACCTCAATATCGAAGCATGCTTTTTTTGATCTCTCTCATGTTTCTCCATTGGTCTTCTTGTATCTCCTTAAAGAATGTTATTCTTATGGAACTTGCAAAGCAACCGC...
XM_057922808.1
AATTCATTAAGTTATCGACAAAAAAGTTGCACCCAAAATTATCACCGCCACCGCAACCAAAACGGTGCGACTTCAACGGCGGTCGTCCTTACGGTGAGCTTGGCGCGCAGCGCGGCTTTTCATTCTTTAATCATGGGAATGGACGGAAATCCAATACATAGGCAAACCTCAATATCGAAGCATGCTTTTTTTGATCTCTCTCATGTTTCTCCATTGGTCTTCTTGTATCTCCTTAAAGAATGTTATTCTTATGGAACTTG...

CDS

12 records

下载 CDS FASTA
LOC130997480
ATGGCTTTTCATTCTTTAATCATGGGAATGGACGGAAATCCAATACATAGGCAAACCTCAATATCGAAGCATGCTTTTTTTGATCTCTCTCATGTTTCTCCATTGGTCTTCTTGTATCTCCTTAAAGAATGTTATTCTTATGGAACTTGCAAAGCAACCGCGAAGTTCCGTGCATTACAACAACAATTGTGTCTTGTTTTACTCAACAATTGCCAAATTGGACCAGCTACTTTGATTGCTCACTGCCTCTACATATTGCC...
LOC130997480
ATGGCTTTTCATTCTTTAATCATGGGAATGGACGGAAATCCAATACATAGGCAAACCTCAATATCGAAGCATGCTTTTTTTGATCTCTCTCATGTTTCTCCATTGGTCTTCTTGTATCTCCTTAAAGAATGTTATTCTTATGGAACTTGCAAAGCAACCGCGAAGTTCCGTGCATTACAACAACAATTGTGTCTTGTTTTACTCAACAATTGCCAAATTGGACCAGCTACTTTGATTGCTCACTGCCTCTACATATTGCC...

Protein

12 records

下载 Protein FASTA
XP_057778780.1
MAFHSLIMGMDGNPIHRQTSISKHAFFDLSHVSPLVFLYLLKECYSYGTCKATAKFRALQQQLCLVLLNNCQIGPATLIAHCLYILPMFESYREGFSHLVISALCRFLKRGNNDKDVKEAKECAAKLFLDIVNGTLEHDNGVLIKIVQVFKVNLTDIDNVLCDVSMRSKPKANSAKEVVEQYVFKLMEFQSYMPAVDLLIHFSICDSGESYLLKMMECQQMKAAEKWATYLGKPMLCLLVQEYVDHKLLQPAYDIIKKNN...
XP_057778781.1
MAFHSLIMGMDGNPIHRQTSISKHAFFDLSHVSPLVFLYLLKECYSYGTCKATAKFRALQQQLCLVLLNNCQIGPATLIAHCLYILPMFESYREGFSHLVISALCRFLKRGNNDKDVKEAKECAAKLFLDIVNGTLEHDNGVLIKIVQVFKVNLTDIDNVLCDVSMRSKPKANSAKEVVEQYVFKLMEFQSYMPAVDLLIHFSICDSGESYLLKMMECQQMKAAEKWATYLGKPMLCLLVQEYVDHKLLQPAYDIIKKNN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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