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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002878

染色体: Chr08 坐标: 28680470-28681361 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002878
名称SmilChr08G002878
描述protein ULTRAPETALA 1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向28680470 - 28681361 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998284
GeneID130998284
locus_tag-
NCBI NameLOC130998284
原始查询SmilChr08G002878

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ULTRAPETALA 1-like
产物protein ULTRAPETALA 1-like
ArabidopsisAT4G28190 (ULT1)
Developmental regulator, ULTRAPETALA [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828934]
identity=44.9; qcov=1.03; evalue=1.61e-66; confidence=medium
RiceOs05g0502700
-
identity=50; qcov=1; evalue=5.79e-73; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol)
KEGG-
PfamPF23292 (SAND_ULT1); PF23293 (zf_ULT1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998284

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779698.1
2 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057779698.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057779698.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779698.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779698.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:28680622 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr8:28680644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr8:28680992 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B33,B49,C32,C68
Chr8:28681003 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C18
Chr8:28681003 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C18
Chr8:28681316 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C49,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779698.1
221 aa
N
1
110
221
SAND_ULT1
zf_ULT1
C
PF23292 SAND_ULT1 16-108 aa PF23293 zf_ULT1 121-218 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779698.1 Pfam PF23292 SAND_ULT1 Domain 16 108 6.9e-36 123.3 ULTRAPETALA1 SAND domain
XP_057779698.1 Pfam PF23293 zf_ULT1 Domain 121 218 9.6e-40 136.0 ULTRAPETALA1 zinc finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923715.1
AAAAGATCAACATGGCAACCATGTTCACCGAGGAAGAATTAGCCAATTTCCTAGGAGTATTGCAAGTGACGTCAGAATTTATAGAGATCGACTGTGGCTGCACCAATCCAAGATACGGCGACACACCAGGCAAACTTAGGGTTTTCATTGACGGCAAGCTCGAGATCGATTGCACGTGTCGAACCGACTGCGACAAAGCAAGAGTATCGCCGGTGGAGTTTGCGAAGCACGCGGGGAAAATAAACGCGCACGCGAACTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998284
ATGGCAACCATGTTCACCGAGGAAGAATTAGCCAATTTCCTAGGAGTATTGCAAGTGACGTCAGAATTTATAGAGATCGACTGTGGCTGCACCAATCCAAGATACGGCGACACACCAGGCAAACTTAGGGTTTTCATTGACGGCAAGCTCGAGATCGATTGCACGTGTCGAACCGACTGCGACAAAGCAAGAGTATCGCCGGTGGAGTTTGCGAAGCACGCGGGGAAAATAAACGCGCACGCGAACTGGAAGAGTCAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779698.1
MATMFTEEELANFLGVLQVTSEFIEIDCGCTNPRYGDTPGKLRVFIDGKLEIDCTCRTDCDKARVSPVEFAKHAGKINAHANWKSQIWVFSKDGSKVGVWKTCLLKHHRFTFVRPLRQVTHRDEFMRCAQCGKDRRFSLRTKEDCKIYHDALVITDWTCSNMPNNTLSCSVGEERESRKVNRGCPRASKCGGCEQCVCFGCEMCRFETCTCQSCIDFIINM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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