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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002904`

染色体: Chr08 坐标: 28995869-28998183 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002904`
名称	SmilChr08G002904
描述	protein FAR-RED ELONGATED HYPOCOTYL 3-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	28995869 - 28998183 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998291`
GeneID	`130998291`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998291`
原始查询	`SmilChr08G002904`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR-RED ELONGATED HYPOCOTYL 3-like
产物	protein FAR-RED ELONGATED HYPOCOTYL 3-like
Arabidopsis	`AT3G22170` (FHY3) far-red elongated hypocotyls 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821781] identity=30.1; qcov=0.991; evalue=1.21e-66; confidence=low
Rice	`Os07g0563600` (OJ1720_F04.111) - identity=35.2; qcov=0.991; evalue=6.58e-101; confidence=medium
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF03101 (FAR1); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE); PF21056 (ZSWIM1-3_RNaseH-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998291

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057779705.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057779705.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779705.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779705.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779705.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:28995881`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	15	A23,B118,B122,B123,B18,B34,B60,B63,B64,B91,C40,C7,C72,C76,D8
`Chr8:28995999`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B13,B16,B53,C22,C4
`Chr8:28996035`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:28996136`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	9	A15,A9,B113,B41,C46,C51,C63,C67,C8
`Chr8:28996150`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr8:28996214`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	31	A23,B102,B108,B110,B115,B124,B127,B132,B137,B18,B20,B21,B26,B29,B33,B40,B59,B67,B68,B7,B72,B86,B87,C18,C33,C44,C52,C54,C59,C62,C81
`Chr8:28996262`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B106,B22
`Chr8:28996262`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B106,B22
`Chr8:28996304`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr8:28996319`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	9	A1,B136,B4,B46,B90,B92,C28,C3,C36
`Chr8:28996439`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr8:28996516`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B80,C18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779705.1

539 aa

270

539

FAR1

ZSWIM1-3_RNaseH-like

MULE

SWIM

PF03101 FAR1 23-108 aa PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like 153-248 aa PF10551 MULE 166-259 aa PF04434 SWIM 436-459 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779705.1`	Pfam	`PF03101`	FAR1	Domain	23	108	8.3e-21	75.2	FAR1 DNA-binding domain
`XP_057779705.1`	Pfam	`PF21056`	ZSWIM1-3_RNaseH-like	Domain	153	248	8.8e-11	42.6	Zinc finger SWIM domain-containing protein 1/3, RNaseH-like domain
`XP_057779705.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	166	259	3.9e-28	98.4	MULE transposase domain
`XP_057779705.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	436	459	3.3e-05	24.0	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923722.1
ATGAACATCAAGGAAGATACTCCAAAGATTGGTATGAGCTTTGCTACTGAAGAGGATGCCTATGGATTTTATCTAAAGTATTCAAAACGTGTGGGCTTTGGTATAAGAAGAAGCAAAAGTCACAAGAACACATGTGGAGAATTAGTTGACAGGATCTATTGTTGTAGTGCTCAAGGAAAAAGATCACACGACAAACGTGATATCTATGTGAAAAAGGCTCGTCCAGAAACAAGATTTGATTGTCAAGCTAAACTGAAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998291
ATGAACATCAAGGAAGATACTCCAAAGATTGGTATGAGCTTTGCTACTGAAGAGGATGCCTATGGATTTTATCTAAAGTATTCAAAACGTGTGGGCTTTGGTATAAGAAGAAGCAAAAGTCACAAGAACACATGTGGAGAATTAGTTGACAGGATCTATTGTTGTAGTGCTCAAGGAAAAAGATCACACGACAAACGTGATATCTATGTGAAAAAGGCTCGTCCAGAAACAAGATTTGATTGTCAAGCTAAACTGAAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779705.1
MNIKEDTPKIGMSFATEEDAYGFYLKYSKRVGFGIRRSKSHKNTCGELVDRIYCCSAQGKRSHDKRDIYVKKARPETRFDCQAKLKVSSRETGKLCVVQFVEEHNHYLSSPNKIHLHRSHRKIAPVAALQIQMANDVGITPKTSHDLMARQADAKMRTNYSHFEDVVFFDTTYRKNNEGHPIALFVGVNHHKQTVIFGVALLYDETSVTFEWLFDTFTRVMCEKKPITILTDQDAAMAKALSSIWPETYHRLCLWHFAKD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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