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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002914

染色体: Chr08 坐标: 29116439-29121444 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002914
名称SmilChr08G002914
描述GDSL esterase/lipase At1g09390-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向29116439 - 29121444 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997516
GeneID130997516
locus_tag-
NCBI NameLOC130997516
原始查询SmilChr08G002914

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase At1g09390-like
产物GDSL esterase/lipase At1g09390-like
ArabidopsisAT1G56670 (AT1G56670)
GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842122]
identity=63.2; qcov=0.982; evalue=3.27e-173; confidence=high
RiceOs01g0329900 (OsGELP14)
-
identity=54.9; qcov=0.855; evalue=2.23e-132; confidence=high
GOGO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997516

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057778834.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057778834.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057778834.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778834.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778834.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:29116663 CCT C 2bp_deletion frameshift_variant 6 A24,A5,B126,B42,B43,B64
Chr8:29121085 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778834.1
379 aa
N
1
190
379
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 50-362 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778834.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 50 362 1.3e-54 186.3 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922851.1
TTTATTATTCATCATTTTTCATGAATAAATTTGTCCATTAAAATAATGTATTGAAATATAGTTGAAGCGCTATGCATGTTAAAGATGACATCATCCCTCCAAAAACAGAGAAAAAAACAAGAGCGCAAAAGGCGATATAAGCGCATAGCAAAGACTTGTGTAGACTCAAACCGACAAATATGGTGTCGTCTTCACTCTCCATTTCTGCTCTCAGCTACGCCCCCCCTCTCTCCAGATTCCTTTTCATCCTCGCCATCATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997516
ATGGTGTCGTCTTCACTCTCCATTTCTGCTCTCAGCTACGCCCCCCCTCTCTCCAGATTCCTTTTCATCCTCGCCATCATTTCATTCTTATTATGCTTCCCACATTTAGCTCACTCGTCTAGGCCTAGCTGCACAAATCCTCCAATCATCTTCAACTTCGGTGATTCCAACTCCGACACCGGCGGTCTCGTCGCCGGACTCGGTATCCCCATCCGCTTGCCCAATGGCCGTGCTTTTTTTCGCCGATCCACGGGTCGCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778834.1
MVSSSLSISALSYAPPLSRFLFILAIISFLLCFPHLAHSSRPSCTNPPIIFNFGDSNSDTGGLVAGLGIPIRLPNGRAFFRRSTGRLSDGRLLIDFLCQSLNASFLSPYLDSLGSSFSNGANFAIAGSTTLPKNVPFALNIQVMQFKRFKDRSVDLASTGVNGLISYDKFGDALYMIDIGQNDIAHSFTDGLSYAQVVKKIPSVLVEIENAVKEIYDEGGRKFWVHNTGPLGCLPQKLALAQNVSENLDSFGCISSYNAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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