Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002924`

染色体: Chr08 坐标: 29311298-29316137 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002924`
名称	SmilChr08G002924
描述	uncharacterized SmilChr08G002924
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	29311298 - 29316137 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997525`
GeneID	`130997525`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997525`
原始查询	`SmilChr08G002924`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829118]; symbol=AT4G29950; hit=AT4G29950; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829118]; symbol=AT4G29950; hit=AT4G29950; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G29950` (AT4G29950) Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829118] identity=53.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0518100` (MAP) - identity=47.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005096 (GTPase activator activity); GO:0090630 (activation of GTPase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00566 (RabGAP-TBC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997525

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057778845.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057778845.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778845.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778845.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778845.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:29311833`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr8:29312894`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B135,C61,C62,C64,C66
`Chr8:29313801`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr8:29313806`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C63
`Chr8:29313853`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr8:29314065`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr8:29314066`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B92
`Chr8:29314066`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B92
`Chr8:29314512`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	B11,C32,C36,C62
`Chr8:29314512`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B11,C32,C36,C62
`Chr8:29314525`	`G`	`GCC`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	B11,C32,C36,C62
`Chr8:29314525`	`G`	`GCC`	2bp_insertion	CDS_variant	4	B11,C32,C36,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778845.1

838 aa

419

838

RabGAP-TBC

PF00566 RabGAP-TBC 109-165 aa PF00566 RabGAP-TBC 258-360 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778845.1`	Pfam	`PF00566`	RabGAP-TBC	Family	109	165	1.1e-25	91.3	Rab-GTPase-TBC domain
`XP_057778845.1`	Pfam	`PF00566`	RabGAP-TBC	Family	258	360	1.1e-25	91.3	Rab-GTPase-TBC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922862.1
TTATATTTATTTATATTTATATGAAAAGAAAAGCAGAAAACATTCTTAATCAAAAAAAAAACAGAAAACATTCATTGGTTGGAAATTGGAATATTAAATTTAGTTGAAAAGGGCATTTTCACCTAATTATTTTTTCCATCCGAAATTCCTCTCCGGATTTAGTTTCCTTCACCTTCAACCTCTCTCTCTAGATTTATGCATTTCCAGAATCCCCTGCCTACATTTTAGCTTAATTTTCTCTGCCACTATATAATTCTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997525
ATGTCACAGGTTTCTATAGATACAGAAATAGTTGAAACGGAGTCGTGTTCTGGAGGTTCGCACCTCTTTAGAAATCTGAGAGGCGTAAGGTGGCGTATAGATTTGGGGATTTTACCATCTTATCCTTTGGCCTCCGTCGACGATCTCCGCCGGGTTACCGCCGATTCTCGGAGAAGGTATGCTGCGTTAAGGAGGCAACTTCTAGTTGATCCACATGTGCCGAGAGATGGAGGCAGCAGCTCTCCTGATCGTGTCATGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778845.1
MSQVSIDTEIVETESCSGGSHLFRNLRGVRWRIDLGILPSYPLASVDDLRRVTADSRRRYAALRRQLLVDPHVPRDGGSSSPDRVMDNPLSQNPDSMWGRFFRNAELERMLDQDLTRLYPERGSYFQTSVCQGILRRILLLWCLRHPEYGYRQGMHEILAPLLYVLHVDVEHLSEVKRTYADHFVDKFDGFSFHENDLTYKFDFKKFSESVGDNYGFDNTSAKASSLSELDSEIQTIVLLNDAYGAEGELGIVLSEKFME...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器