Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002936`

染色体: Chr08 坐标: 29378458-29380540 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002936`
名称	SmilChr08G002936
描述	histone-lysine N-methyltransferase SUVR3
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	29378458 - 29380540 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997538`
GeneID	`130997538`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997538`
原始查询	`SmilChr08G002936`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	histone-lysine N-methyltransferase SUVR3
产物	histone-lysine N-methyltransferase SUVR3
Arabidopsis	`AT3G03750` (SDG20) SET domain protein 20 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821169] identity=50.9; qcov=1.02; evalue=4.4e-105; confidence=high
Rice	`Os01g0772150` (OsSET3) - identity=48.4; qcov=1.06; evalue=5.12e-101; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	smil00310 (Lysine degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00856 (SET)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997538

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057778860.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057778860.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778860.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778860.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057778860.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:29379149`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C33
`Chr8:29379149`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C33
`Chr8:29379162`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr8:29379222`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B121,B79
`Chr8:29379238`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A19,C9
`Chr8:29379744`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,A5,B84,D9
`Chr8:29379891`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B121,B79
`Chr8:29379953`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	B19,B58,B75,C13,C50,C7,C71
`Chr8:29380024`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C57
`Chr8:29380044`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	23	A23,A8,B103,B134,B15,B29,B32,B38,B39,B48,B63,B74,B77,B78,B91,B94,C17,C19,C2,C29,C40,C61,C7
`Chr8:29380059`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	22	A23,A8,B103,B134,B15,B29,B32,B38,B39,B48,B63,B77,B78,B91,B94,C17,C19,C2,C29,C40,C61,C7
`Chr8:29380061`	`CGA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	22	A23,A8,B103,B134,B15,B29,B32,B38,B39,B48,B63,B77,B78,B91,B94,C17,C19,C2,C29,C40,C61,C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778860.1

324 aa

162

324

SET

PF00856 SET 176-297 aa

XP_057778861.1

324 aa

162

324

SET

PF00856 SET 176-297 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778860.1`	Pfam	`PF00856`	SET	Family	176	297	2.6e-21	76.8	SET domain
`XP_057778861.1`	Pfam	`PF00856`	SET	Family	176	297	2.6e-21	76.8	SET domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922878.1
AGAGGGGCTCATGTTGTATTTGCGTTTCCTCTGTGGGTGATTTCATACATAGCTACAAATTTTCACACCTTATATTATTTTATTTTATTTTAGAGACTATCATAGCTCTTATTTTAAAAAATAATAAAAATATTCATAGAAGAAATACTTCACGTCTTCATCCCTGTAATGTGATTTTGGCCTATCAAGATTGGTATTGGGCCGTTAATGGGATTTTATTTAGTTCGTCAACAAAGTCGAGAAAGTTAGACCTTCGCACC...

XM_057922877.1
AGAGGGGCTCATGTTGTATTTGCGTTTCCTCTGTGGGTGATTTCATACATAGCTACAAATTTTCACACCTTATATTATTTTATTTTATTTTAGAGACTATCATAGCTCTTATTTTAAAAAATAATAAAAATATTCATAGAAGAAATACTTCACGTCTTCATCCCTGTAATGTGATTTTGGCCTATCAAGATTGGTATTGGGCCGTTAATGGGATTTTATTTAGTTCGTCAACAAAGTCGAGAAAGTTAGACCTTCGCACC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130997538
ATGGAGGAACCGCATCGCCGGAAAATCAACGACCGTCAAACCGGTGAAGCTTTCTTCCATTGTGCCGCCATCGTCATCCCTTACCTCAATTCCGCCGAGCTAGCCTCCATCTCCTCCACCTGCAAAACCTTGCACAACATCTCCACTAACGTAACTTCCCGCAGAACCTCCGACGCTTCCAGAGGTTTCGAGAAACTTTCTGTCCCGTTTCACAACCCCATCCCCGGTTATCCCCAGCCCTACTCCTACTTTCTCTACAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057778860.1
MEEPHRRKINDRQTGEAFFHCAAIVIPYLNSAELASISSTCKTLHNISTNVTSRRTSDASRGFEKLSVPFHNPIPGYPQPYSYFLYTPSQTLRATPDFRQPWGSDHDARPDPPYPFLFRVDGAAGCECTNGCGGDCCPCLNLECGPSCKCDSMCGNRATQCGVTVRLKIVKDDRKGWGLYAAELITAGRFICEYAGEVLPTKEARERQQNYDETARIERLSPALLVVKEHLPFGNTCMRMNIDATRIGNIARFINHSCDG...

XP_057778861.1
MEEPHRRKINDRQTGEAFFHCAAIVIPYLNSAELASISSTCKTLHNISTNVTSRRTSDASRGFEKLSVPFHNPIPGYPQPYSYFLYTPSQTLRATPDFRQPWGSDHDARPDPPYPFLFRVDGAAGCECTNGCGGDCCPCLNLECGPSCKCDSMCGNRATQCGVTVRLKIVKDDRKGWGLYAAELITAGRFICEYAGEVLPTKEARERQQNYDETARIERLSPALLVVKEHLPFGNTCMRMNIDATRIGNIARFINHSCDG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器