Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002937`

染色体: Chr08 坐标: 29383073-29383932 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002937`
名称	SmilChr08G002937
描述	uncharacterized SmilChr08G002937
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	29383073 - 29383932 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997540`
GeneID	`130997540`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997540`
原始查询	`SmilChr08G002937`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Oligosaccharyltransferase complex/magnesium transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829109]; symbol=AT4G29870; hit=AT4G29870; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Oligosaccharyltransferase complex/magnesium transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829109]; symbol=AT4G29870; hit=AT4G29870; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G29870` (AT4G29870) Oligosaccharyltransferase complex/magnesium transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829109] identity=79.6; qcov=0.982; evalue=3.75e-91; confidence=high
Rice	`-` -
GO	GO:0006486 (GO:0006486); GO:0008250 (oligosaccharyltransferase complex)
KEGG	smil00510 (N-Glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00513 (Various types of N-glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04756 (OST3_OST6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997540

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057778862.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057778862.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.40000	`XP_057778862.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778862.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778862.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:29383515`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778862.1

165 aa

165

OST3_OST6

PF04756 OST3_OST6 43-163 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778862.1`	Pfam	`PF04756`	OST3_OST6	Family	43	163	3.2e-09	37.3	OST3 / OST6 family, transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922879.1
TCGAGCGGGCGCTGGGACTCGGTCCATCACTCACGGGCTCGCAACGACAGCAGCTGATTCGAAATGAAAAAATAAAAATAAAATTCATATAGTGACAGTTGGCGGAGTAGCAATAGAAGTAAGAGAGGGGGCACTGAAACCCCTCCCACTGAAACCCCCAAAATCTAGATCCACCACCCAAATTATGTCCACCGCCGCTGCGCAGCCCGACTCATCGGGCTCAATCGACCCGATTTTCCACGCCGTCCGAGTCCTCCCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997540
ATGTCCACCGCCGCTGCGCAGCCCGACTCATCGGGCTCAATCGACCCGATTTTCCACGCCGTCCGAGTCCTCCCGTTCTCCTTCCTCCGCCCGCCGCGCCTCCGCCTTAAGCTGCCGTCCTTCAGCCTCCCCTCCGCCATGACGGTCTACGCCCTCATCCTCCTCACCTACTTCATGGTCGTCTCCGGAATCGTCTACGACGTCATCGTCGAGCCCCCCGGCATCGGATCCACGCAGGACCGCTTCACTGGGGCGGTCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778862.1
MSTAAAQPDSSGSIDPIFHAVRVLPFSFLRPPRLRLKLPSFSLPSAMTVYALILLTYFMVVSGIVYDVIVEPPGIGSTQDRFTGAVRPVVFLPGRVNGQYIIEGLSSGFMFVLGGTGIVLLDLALDKNRAKSVKVSYSTAGIAFIVISYVMSMLFIRIKIPAYLR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器