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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002939

染色体: Chr08 坐标: 29404328-29412621 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002939
名称SmilChr08G002939
描述protein RRP6-like 2
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向29404328 - 29412621 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997542
GeneID130997542
locus_tag-
NCBI NameLOC130997542
原始查询SmilChr08G002939

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein RRP6-like 2
产物protein RRP6-like 2
ArabidopsisAT5G35910 (AT5G35910)
Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H fold protein with HRDC domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833577]
identity=51.9; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0157800
-
identity=61.3; qcov=0.516; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0000166 (nucleotide binding); GO:0000175 (3'-5'-RNA exonuclease activity); GO:0000176 (nuclear exosome (RNase complex)); GO:0000467 (exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0005730 (nucleolus); GO:0071035 (nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process); GO:0071036 (nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process); GO:0071037 (nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process); GO:0071038 (TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway); GO:0071039 (nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process); GO:0071040 (nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process); GO:0071044 (histone mRNA catabolic process); GO:0071051 (poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing)
KEGGsmil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00570 (HRDC); PF01612 (DNA_pol_A_exo1); PF08066 (PMC2NT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997542

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778864.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778864.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778864.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057778864.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057778864.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:29404611 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr8:29404696 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr8:29406615 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B33,B49,C32,C68
Chr8:29406987 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr8:29407261 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,A5,D9
Chr8:29407796 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B33,B49,C32,C68
Chr8:29410177 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B76,C12
Chr8:29410395 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:29410462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr8:29410965 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr8:29411019 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr8:29411962 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778864.1
896 aa
N
1
448
896
PMC2NT
DNA_pol_A_exo1
HRDC
C
PF08066 PMC2NT 37-122 aa PF01612 DNA_pol_A_exo1 258-423 aa PF00570 HRDC 477-540 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778864.1 Pfam PF08066 PMC2NT Domain 37 122 1.2e-05 26.5 PMC2NT (NUC016) domain
XP_057778864.1 Pfam PF01612 DNA_pol_A_exo1 Domain 258 423 4.5e-48 164.0 3'-5' exonuclease
XP_057778864.1 Pfam PF00570 HRDC Domain 477 540 6.7e-12 45.9 HRDC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922881.1
ATCACAGAAACAGCAAATGGGAATTCATCTTTTTTAAACCCTGAAAACCCTAGCGCCCAAACCAAACTTCCCGTTTTCTTCCAATGCAGACTTAAAACCCTAAAGCAGAACGAATCATGGAAATTGATCACCCCGAAGGCGAAACCGCAAGAAAATCCGACGCCCTACGAAATCTCTCGTCGAAGGGCGCGTTGCCCACTTCTGTGGCGAAGCTTTCAGGCTCGTCGCGCATCATACCGACACAAACGGACTTCCATTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997542
ATGGAAATTGATCACCCCGAAGGCGAAACCGCAAGAAAATCCGACGCCCTACGAAATCTCTCGTCGAAGGGCGCGTTGCCCACTTCTGTGGCGAAGCTTTCAGGCTCGTCGCGCATCATACCGACACAAACGGACTTCCATTTCTACGATAACTTTGAGGAATTCAAGAACCCCGTCTCGGAAATCGACGACAAGTCCAAGACCCTTCTGAGAAATATCGGGGCGTCGGAGAATTTACTCGGGAAGCCAATCCTGTTGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778864.1
MEIDHPEGETARKSDALRNLSSKGALPTSVAKLSGSSRIIPTQTDFHFYDNFEEFKNPVSEIDDKSKTLLRNIGASENLLGKPILLPDDKNVELDEDLAFDWLVNVNDEMYERFDVSLDDFKRLRKKEEESGVRTMRVDDEGEENGFQMVYGKKNKKLSERNVEGVAKGAQEVKVAAKVKPKVPFHIPSIPRPQDEYKIIVNNSNQPHDHVWLQRSDDGSRFLHPLEKLSVLDFVDTSESTVEPEKPLPLEVTPFKLVEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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