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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002946

染色体: Chr08 坐标: 29464813-29472438 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002946
名称SmilChr08G002946
描述uncharacterized SmilChr08G002946
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向29464813 - 29472438 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997548
GeneID130997548
locus_tag-
NCBI NameLOC130997548
原始查询SmilChr08G002946

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MIF4G domain-containing protein / MA3 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831661]; symbol=AT5G17930; hit=AT5G17930; species=arabidopsis; confidence=high
产物MIF4G domain-containing protein / MA3 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831661]; symbol=AT5G17930; hit=AT5G17930; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G17930 (AT5G17930)
MIF4G domain-containing protein / MA3 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831661]
identity=64.1; qcov=0.68; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0147200
-
identity=65; qcov=0.573; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0005730 (nucleolus); GO:0042274 (ribosomal small subunit biogenesis)
KEGG-
PfamPF02847 (MA3); PF02854 (MIF4G)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997548

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778871.1
2 Nucleolus 核仁 1.00000 XP_057778871.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057778872.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778871.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778871.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:29465141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr8:29465161 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr8:29465238 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B50,C29
Chr8:29465280 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B120
Chr8:29465280 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B120
Chr8:29466553 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B82,C1
Chr8:29466878 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,C15
Chr8:29466925 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C52
Chr8:29466925 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr8:29467688 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,A25,B37
Chr8:29467714 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B30,B9,C12,C71
Chr8:29468987 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778871.1
811 aa
N
1
406
811
MIF4G
MA3
C
PF02854 MIF4G 325-526 aa PF02847 MA3 614-715 aa
XP_057778872.1
754 aa
N
1
377
754
MIF4G
MA3
C
PF02854 MIF4G 268-469 aa PF02847 MA3 557-658 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778871.1 Pfam PF02854 MIF4G Repeat 325 526 2.9e-19 70.3 MIF4G domain
XP_057778871.1 Pfam PF02847 MA3 Repeat 614 715 1.2e-19 71.1 MA3 domain
XP_057778872.1 Pfam PF02854 MIF4G Repeat 268 469 2.4e-19 70.6 MIF4G domain
XP_057778872.1 Pfam PF02847 MA3 Repeat 557 658 1.1e-19 71.2 MA3 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922888.1
CATGCGATAAATTAATTCCCAAATCCTCCGCCTCCGAAAACCCCACTAATTTTTTTTTCCTGCGACTCGCCGCCTCTTATTCCCCTCCGCTTCCTGGCTGCCGCCGCTGCTCCCCAAGTCACCAGTCCGTCTATCTGTTCGGCTTGGCATACCCTCTTTCCCCAGCGGGAAAGATACACAACATGGAAGAGAAATCCACCCGCAAAGAGCGCAGAAAAGAAGCTCGCTCAGCCAGGAATAAGAAAAAGTTTGATTCATGG...
XM_057922889.1
ATGCGATAAATTAATTCCCAAATCCTCCGCCTCCGAAAACCCCACTAATTTTTTTTTCCTGCGACTCGCCGCCTCTTATTCCCCTCCGCTTCCTGGCTGCCGCCGCTGCTCCCCAAGTCACCAGTCCGTCTATCTGTTCGGCTTGGCATACCCTCTTTCCCCAGCGGGAAAGATACACAACATGGAAGAGAAATCCACCCGCAAAGAGCGCAGAAAAGAAGCTCGCTCAGCCAGGAATAAGAAAAACAATCAAAGGTTGT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130997548
ATGGAAGAGAAATCCACCCGCAAAGAGCGCAGAAAAGAAGCTCGCTCAGCCAGGAATAAGAAAAAGTTTGATTCATGGATCCACCATCGACAATCAAAGGTTGTTAATTTAGAGTCGAAGTCTGAGAAGGCAGGGAAGCGACTTAAGAACAATGAAAATGATGGTAGCACTATGCAACCTGAGATGGTGGAGATATCCAAAACTAAAACAAGGGAGTCGACAACTAGTGAGGCAACTAGACTCTCTCGTACTTCACGAAA...
LOC130997548
ATGCAACCTGAGATGGTGGAGATATCCAAAACTAAAACAAGGGAGTCGACAACTAGTGAGGCAACTAGACTCTCTCGTACTTCACGAAACTCAGAAGCGAAAAAGGAGTTGAAACGGAAGAGGAGTTTAGATAAAACTTCAAAAGCCAACTTCTTTAACTTCCTAGATATGGAAACGAATGGAATAATGGCATCAGCAGAGGAGGATATGCGTTTGGAGAGGAGACTTGCAAAGAAGCTCAAGGTGAAGAGTGGGAGGTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057778871.1
MEEKSTRKERRKEARSARNKKKFDSWIHHRQSKVVNLESKSEKAGKRLKNNENDGSTMQPEMVEISKTKTRESTTSEATRLSRTSRNSEAKKELKRKRSLDKTSKANFFNFLDMETNGIMASAEEDMRLERRLAKKLKVKSGRLTNANDDMDMLLEGIPSMTESLGKIGKEDKTARDTASYLKTKMPDSVDKDLDDEISSDEGIQESNLLTSDEELDDVVSPKDSPISSDEGSEESDSLTSDQEHEDEYLATDYRKKNLE...
XP_057778872.1
MQPEMVEISKTKTRESTTSEATRLSRTSRNSEAKKELKRKRSLDKTSKANFFNFLDMETNGIMASAEEDMRLERRLAKKLKVKSGRLTNANDDMDMLLEGIPSMTESLGKIGKEDKTARDTASYLKTKMPDSVDKDLDDEISSDEGIQESNLLTSDEELDDVVSPKDSPISSDEGSEESDSLTSDQEHEDEYLATDYRKKNLETSRLLKKHGNSSSSEQGQEVSGPPKTVSSEVALDKLPNKGTGKYVAPHLRSHGVNES...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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