当前解析结果
SmilChr08G002947| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002947 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002947 |
| 描述 | annexin D8-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 29475026 - 29476650 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130997549 |
|---|---|
| GeneID | 130997549 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997549 |
| 原始查询 | SmilChr08G002947 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | annexin D8-like |
| 产物 | annexin D8-like |
| Arabidopsis | AT1G35720 (ANNAT1)annexin 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840476] identity=31.7; qcov=0.926; evalue=3.28e-32; confidence=low |
| Rice | Os09g0453300 (OsANN10)- identity=39.7; qcov=0.984; evalue=3.35e-74; confidence=medium |
| GO | GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005544 (calcium-dependent phospholipid binding); GO:0005737 (cytoplasm) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00191 (Annexin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997549 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057778874.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057778874.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057778874.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057778874.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057778874.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:29475277 |
G |
GGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | D6 |
Chr8:29475277 |
G |
GGA |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr8:29475365 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B82,C1 |
Chr8:29475368 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B49 |
Chr8:29475370 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B49 |
Chr8:29475370 |
A |
AT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B49 |
Chr8:29475455 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B41,C70,C86 |
Chr8:29475475 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,C31 |
Chr8:29475638 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 9 | B119,B126,B138,B5,B93,C19,C47,C77,C85 |
Chr8:29475751 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:29475920 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B13,C8,D7 |
Chr8:29475931 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A20,A25,B37 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778874.1PF00191
Annexin 170-212 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778874.1 |
Pfam | PF00191 |
Annexin | Domain | 170 | 212 | 6.6e-26 | 90.9 | Annexin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。