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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002947

染色体: Chr08 坐标: 29475026-29476650 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002947
名称SmilChr08G002947
描述annexin D8-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向29475026 - 29476650 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997549
GeneID130997549
locus_tag-
NCBI NameLOC130997549
原始查询SmilChr08G002947

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述annexin D8-like
产物annexin D8-like
ArabidopsisAT1G35720 (ANNAT1)
annexin 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840476]
identity=31.7; qcov=0.926; evalue=3.28e-32; confidence=low
RiceOs09g0453300 (OsANN10)
-
identity=39.7; qcov=0.984; evalue=3.35e-74; confidence=medium
GOGO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005544 (calcium-dependent phospholipid binding); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG-
PfamPF00191 (Annexin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997549

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057778874.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057778874.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778874.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778874.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778874.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:29475277 G GGA 2bp_insertion frameshift_variant 1 D6
Chr8:29475277 G GGA 2bp_insertion CDS_variant 1 D6
Chr8:29475365 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B82,C1
Chr8:29475368 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr8:29475370 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B49
Chr8:29475370 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 B49
Chr8:29475455 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,C70,C86
Chr8:29475475 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,C31
Chr8:29475638 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 9 B119,B126,B138,B5,B93,C19,C47,C77,C85
Chr8:29475751 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:29475920 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,C8,D7
Chr8:29475931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,A25,B37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778874.1
310 aa
N
1
155
310
Annexin
C
PF00191 Annexin 170-212 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778874.1 Pfam PF00191 Annexin Domain 170 212 6.6e-26 90.9 Annexin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922891.1
AAAGTTGGCAAAAGGGTCTACTCAGAAAGCCATGAAGTAGCACAAACATACAAAAACCATACACATCAGTTTCCTACTTGCACATACCTTTTAGCTTTTTCACTTTTTTTATTCAACACATTCATCAATACAATCTCTTCCTGCACGTTCACCTATATCTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATCTGTGTAATGTGCTTGGAGAGGGCAGCATCAACGCAATGGCCATTCAAAGAAGTGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997549
ATGGCCATTCAAAGAAGTGAGAGATTGGAGGGCATCTGCAAGGAAATTCACGATTCAGCAAACCGGCTAATTCCAGTGGTGATGAGTTTAAGCCAGCTCGAGTGCAGGAAAGTTCGAGAAACATATATGAGGCTCTACGGAGAGGATCTAGCTCAACTTCGCCCCATAATTAATCCTCACAACCTTGTTTTAACTTTGATGATGCTGAATCCATTCGAGCGCGATGCAGCACTCGCCAGAAAGGCTCTTCACCTAAACAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778874.1
MAIQRSERLEGICKEIHDSANRLIPVVMSLSQLECRKVRETYMRLYGEDLAQLRPIINPHNLVLTLMMLNPFERDAALARKALHLNSNYKPLIEIYTTRKSSHVLLTHQAYHAKYMSHLDLDIAGIEPPHPFQKILLALSASHKAHHAETSQHIAKCDAKRLYETGEGKARAGIDEAVVIEIFSKRSVAQLKLTFSNYSHIYGHSYTSFLKKVDCGAIGDAVRSVAKCICNPAGYYAKVVYGWFKGETSDEGAIARVVVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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