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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002958

染色体: Chr08 坐标: 29604189-29612591 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002958
名称SmilChr08G002958
描述ribonuclease II, chloroplastic/mitochondrial
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向29604189 - 29612591 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997558
GeneID130997558
locus_tag-
NCBI NameLOC130997558
原始查询SmilChr08G002958

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ribonuclease II, chloroplastic/mitochondrial
产物ribonuclease II%2C chloroplastic/mitochondrial
ArabidopsisAT5G02250 (EMB2730)
Ribonuclease II/R family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830864]
identity=71.6; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0841800
-
identity=65.5; qcov=0.617; evalue=3e-172; confidence=high
GOGO:0000175 (3'-5'-RNA exonuclease activity); GO:0000178 (exosome (RNase complex)); GO:0000932 (P-body); GO:0003723 (RNA binding); GO:0006402 (mRNA catabolic process)
KEGG-
PfamPF00773 (RNB); PF23161 (HTH_RNase_II); PF23163 (CSD_RNase_II); PF25255 (WHD_RNase_II)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997558

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057778901.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057778902.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057778901.1
4 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.40000 XP_057778901.1
5 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057778903.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:29604810 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,D11
Chr8:29606680 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:29607650 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr8:29608530 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,C12
Chr8:29608793 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr8:29608847 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,C8,D7
Chr8:29609015 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr8:29610171 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,A5,D9
Chr8:29610233 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B36
Chr8:29610233 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B36
Chr8:29610624 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr8:29612174 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778901.1
795 aa
N
1
398
795
CSD_RNase_II
WHD_RNase_II
HTH_RNase_II
RNB
C
PF23163 CSD_RNase_II 110-171 aa PF25255 WHD_RNase_II 173-252 aa PF23161 HTH_RNase_II 253-356 aa PF00773 RNB 390-685 aa
XP_057778902.1
656 aa
N
1
328
656
CSD_RNase_II
WHD_RNase_II
HTH_RNase_II
RNB
C
PF23163 CSD_RNase_II 1-32 aa PF25255 WHD_RNase_II 34-113 aa PF23161 HTH_RNase_II 114-217 aa PF00773 RNB 251-546 aa
XP_057778903.1
648 aa
N
1
324
648
WHD_RNase_II
HTH_RNase_II
RNB
C
PF25255 WHD_RNase_II 26-105 aa PF23161 HTH_RNase_II 106-209 aa PF00773 RNB 243-538 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778901.1 Pfam PF23163 CSD_RNase_II Domain 110 171 2.4e-27 95.3 CSD-like barrel domain
XP_057778901.1 Pfam PF25255 WHD_RNase_II Domain 173 252 5.5e-31 107.2 Ribonuclease II, winged helix domain
XP_057778901.1 Pfam PF23161 HTH_RNase_II Domain 253 356 1.3e-25 90.7 Double HTH domain
XP_057778901.1 Pfam PF00773 RNB Domain 390 685 3e-78 264.0 RNB domain
XP_057778902.1 Pfam PF23163 CSD_RNase_II Domain 1 32 8.1e-07 29.6 CSD-like barrel domain
XP_057778902.1 Pfam PF25255 WHD_RNase_II Domain 34 113 4.3e-31 107.6 Ribonuclease II, winged helix domain
XP_057778902.1 Pfam PF23161 HTH_RNase_II Domain 114 217 8.7e-26 91.3 Double HTH domain
XP_057778902.1 Pfam PF00773 RNB Domain 251 546 2.5e-78 264.3 RNB domain
XP_057778903.1 Pfam PF25255 WHD_RNase_II Domain 26 105 4.2e-31 107.6 Ribonuclease II, winged helix domain
XP_057778903.1 Pfam PF23161 HTH_RNase_II Domain 106 209 9.3e-26 91.2 Double HTH domain
XP_057778903.1 Pfam PF00773 RNB Domain 243 538 3.4e-78 263.9 RNB domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922918.1
GCCCAAGTTTGTTCATATAAATTGAGCCTTACATAAGAACTTTGCTAATATGTGGCCCAATGTTAATTTTCGGATGGAAGTCATGGTTGGCCCATGTTTAGGGTTGTAGGCCGGTTAACTATTTTACGAAGATAATAAGCTATTGCAAGTGATACAGAAGAAATTTATCATATCCGTTGTTGCTCAGCAATTCTACCATTCTAATTTCTGTAATCCCCCCCAACTCTCCATTTCATGATTTTTTCGTATTTCCGAAGCTA...
XM_057922919.1
CTATCTAAATCGGATTGTTACAGATCGAAATCAATGTGTGCTACAGATTAATAGACAGTCTGTCCCAAATTCATCCCTAAGCCAATGACTAAACTATATTTGACAAGAGTGTCCAATTTCAGGATCGGCAACACCATGATTAGAATTGGAAACTAGTGATGAGCTTCTCGAAGATAAGCCTGGAAAGAAGACTCTTCAGAAAGGATTGTTGCTAGAGTTCAAGAAGGATTCAGAGAGGGTCTTACTAGCAGTTGTGCAGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130997558
ATGGCGGTTCGCCTCATGAACGGCGGTAGCGCAATCTTCCGCTGCTGCGCAGTGTCGCCGCCGCCCACCGCCCTAAGGTGCTGCCTGCGCCACCATAAGCATGTTCCGTTGCACTCCTCCGCTTGCTTGTCAATTTCCCGGCGACTTCGTTGTCGCCGCATATCATTTGGCTATGAGGCGGTTCGGAGGTACTCGGCGCAGAGTCTGGTGGATATGATGATGGAGGAGCTGGAGTCACTCCGGAAGCGCGGTGTAGCTCG...
LOC130997558
ATGGTTTCCGATCAGAATGGTGTAATGGCATCTATTAAGCCGCAACAAATTACTTTCATTGTCCCCGGTGTCAAGAACTTTGATCATATGGAGATATCAGACTTTATTCAGAAAGCACAAGATAATCTGGACCCTTCTCTGCTTGAATTCGCATGGATTGAACTTGTTGAAAAGAATAAATCAATAACTGTGGAAGAGCTTGCAGAGATGATGTTTGGTAGTGCGGAACCTCTGGAAAGCTATTCTGCTCATTTGTTGCT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057778901.1
MAVRLMNGGSAIFRCCAVSPPPTALRCCLRHHKHVPLHSSACLSISRRLRCRRISFGYEAVRRYSAQSLVDMMMEELESLRKRGVARASNKLELETSDELLEDKPGKKTLQKGLLLEFKKDSERVLLAVVQKPDGKKNWMVSDQNGVMASIKPQQITFIVPGVKNFDHMEISDFIQKAQDNLDPSLLEFAWIELVEKNKSITVEELAEMMFGSAEPLESYSAHLLLSKDDIYFTTLESKGSCSVYGPRPAVQVEELMRRK...
XP_057778902.1
MVSDQNGVMASIKPQQITFIVPGVKNFDHMEISDFIQKAQDNLDPSLLEFAWIELVEKNKSITVEELAEMMFGSAEPLESYSAHLLLSKDDIYFTTLESKGSCSVYGPRPAVQVEELMRRKHAKEAADRELEEFVNLLRSARDMPLHAKPPKSMWSSEEKNQKKIEILQAYAIDDCRNDDEKKTAGMILKGVGLARTASAAMNLLIDIGYFPVHINLDILKLNIHTDYAEEILIAAERLLLESPDPDEAERKDLTHLKVY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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