当前解析结果
SmilChr08G002963| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002963 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002963 |
| 描述 | metallothionein-like protein type 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 29648348 - 29649219 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130997562 |
|---|---|
| GeneID | 130997562 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997562 |
| 原始查询 | SmilChr08G002963 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | metallothionein-like protein type 2 |
| 产物 | metallothionein-like protein type 2 |
| Arabidopsis | AT3G09390 (MT2A)metallothionein 2A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820098] identity=59.3; qcov=1.01; evalue=4.61e-09; confidence=low |
| Rice | Os12g0570700 (OsMT1a)- identity=55.6; qcov=1.01; evalue=2.56e-19; confidence=low |
| GO | GO:0046872 (metal ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01439 (Metallothio_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997562 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057778909.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057778909.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057778909.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057778909.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057778909.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:29648833 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr8:29648835 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B7 |
Chr8:29648870 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B121,B13,B46,B79,C49 |
Chr8:29648871 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A15,C67 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778909.1PF01439
Metallothio_2 1-79 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778909.1 |
Pfam | PF01439 |
Metallothio_2 | Family | 1 | 79 | 2.1e-28 | 99.8 | Metallothionein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。