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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002973

染色体: Chr08 坐标: 29764779-29767733 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002973
名称SmilChr08G002973
描述putative E3 ubiquitin-protein ligase XBAT31
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向29764779 - 29767733 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997573
GeneID130997573
locus_tag-
NCBI NameLOC130997573
原始查询SmilChr08G002973

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative E3 ubiquitin-protein ligase XBAT31
产物putative E3 ubiquitin-protein ligase XBAT31
ArabidopsisAT2G28840 (XBAT31)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817433]
identity=59; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0112000 (XB3)
-
identity=59.1; qcov=1.03; evalue=6.09e-173; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0009707 (chloroplast outer membrane); GO:0030941 (chloroplast targeting sequence receptor activity); GO:0045036 (protein targeting to chloroplast)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF12796 (Ank_2); PF13606 (Ank_3); PF13637 (Ank_4); PF13857 (Ank_5); PF24921 (RING_XB3-XBAT31)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997573

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057778920.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057778920.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778920.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778920.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778920.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:29765250 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr8:29765726 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B36,C45,C85
Chr8:29765777 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B14,B31,B76,C71,D5
Chr8:29765861 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,C10,C79,C81
Chr8:29765872 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr8:29766224 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B54
Chr8:29766248 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr8:29766275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:29766285 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,D2
Chr8:29766378 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,C16,C26,C6,C79
Chr8:29766406 T TTA 2bp_insertion frameshift_variant 1 D10
Chr8:29766406 T TTA 2bp_insertion CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778920.1
436 aa
N
1
218
436
Ank_2
Ank
Ank_4
Ank
Ank_4
Ank_3
Ank_2
Ank
Ank
Ank_3
Ank
Ank_5
Ank_2
RING_XB3-XBAT31
C
PF12796 Ank_2 15-107 aa PF00023 Ank 48-76 aa PF13637 Ank_4 50-99 aa PF00023 Ank 80-107 aa PF13637 Ank_4 85-132 aa PF13606 Ank_3 112-135 aa PF12796 Ank_2 112-183 aa PF00023 Ank 113-136 aa PF00023 Ank 158-187 aa PF13606 Ank_3 195-220 aa PF00023 Ank 195-225 aa PF13857 Ank_5 195-232 aa PF12796 Ank_2 195-247 aa PF24921 RING_XB3-XBAT31 318-370 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778920.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 15 107 3.8e-40 137.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057778920.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 48 76 6.6e-40 133.6 Ankyrin repeat
XP_057778920.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 50 99 4.6e-24 84.7 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057778920.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 80 107 6.6e-40 133.6 Ankyrin repeat
XP_057778920.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 85 132 4.6e-24 84.7 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057778920.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 112 135 6.7e-27 91.0 Ankyrin repeat
XP_057778920.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 112 183 3.8e-40 137.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057778920.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 113 136 6.6e-40 133.6 Ankyrin repeat
XP_057778920.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 158 187 6.6e-40 133.6 Ankyrin repeat
XP_057778920.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 195 220 6.7e-27 91.0 Ankyrin repeat
XP_057778920.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 195 225 6.6e-40 133.6 Ankyrin repeat
XP_057778920.1 Pfam PF13857 Ank_5 Repeat 195 232 1.2e-30 105.9 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057778920.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 195 247 3.8e-40 137.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057778920.1 Pfam PF24921 RING_XB3-XBAT31 Domain 318 370 8.4e-20 71.3 E3 ubiquitin-protein ligase XB3/XBAT31 RING finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922937.1
ATGAGAAGAAGAGCGTGATCGATTTTTCAGTTAATAAAAATCGAGATTCCAGCATTAGGTCAAAAATCGAATATTTTAATTTGATTGGCTTTAATCCGGAAAGTCCGTATAATTTTTCGAGGTGCCCTAAATTAAATCCGCAATCTGCCCGAAAACGCAGAAAGTTGGTGCCCGGAATCCTGCGGGCAGCCCAAACTCCAATACCTTTCCTACTTTTCATCGCTTGTGTCCCCTCCGTTCCACTATCATCACACATTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997573
ATGGGGCAGGGCCTCAGCTGCAGTGAGCTCGAAGACACTGAGCTGTTCAACGCAGTTCAAAACGGAGAGGTCGACACCGTCCAAGCGCTTGCCGCCCAAGACCCAAATTTGTTGACGCTCAAAACCGTTCACGGACGCCTCTCCGCGCTCCACGTGGCAGCTGCGAACGGGCGGGTGGAGGTACTCTCTGTTCTTTTAGATCGGTTTGGGAATCCAGATATCTTGAATCGGCACAAACAGACTCCATTGATGTTAGCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778920.1
MGQGLSCSELEDTELFNAVQNGEVDTVQALAAQDPNLLTLKTVHGRLSALHVAAANGRVEVLSVLLDRFGNPDILNRHKQTPLMLAAIHGKSSCVERLIQAGANVLLFDTLCGRTCLHYAAYYGHSDCLQLILSAGNSTPVAQSWGFSRFVNIRDGSGATPLHLASRQRRSECVHILLSSGALVCASTGGYSYPGSTPLHLAARGGSLDCVRELLARGADRLQRDSSGRIPYMVAVKHKHDACAALLNPLAPEPLTWPSP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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