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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002979

染色体: Chr08 坐标: 29873971-29877580 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002979
名称SmilChr08G002979
描述beta-glucuronosyltransferase GlcAT14C
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向29873971 - 29877580 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997577
GeneID130997577
locus_tag-
NCBI NameLOC130997577
原始查询SmilChr08G002979

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述beta-glucuronosyltransferase GlcAT14C
产物beta-glucuronosyltransferase GlcAT14C
ArabidopsisAT2G37585 (AT2G37585)
Core-2/I-branching beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818335]
identity=60.5; qcov=1; evalue=8.2e-167; confidence=high
RiceOs08g0143500 (P0473D02.40-1)
-
identity=56.9; qcov=0.898; evalue=2.51e-146; confidence=high
GOGO:0015020 (glucuronosyltransferase activity); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF02485 (Branch)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997577

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057778922.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778922.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778922.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778922.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057778922.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:29874163 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B33,C32,C68
Chr8:29874199 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B128,C10,C79,C81,C82
Chr8:29874261 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B8
Chr8:29874296 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B33
Chr8:29874314 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,C15
Chr8:29874369 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B8
Chr8:29875906 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C17
Chr8:29875906 TTG T 2bp_deletion CDS_variant 1 C17
Chr8:29876085 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr8:29876826 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C15
Chr8:29876826 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr8:29876899 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778922.1
401 aa
N
1
200
401
Branch
C
PF02485 Branch 59-318 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778922.1 Pfam PF02485 Branch Family 59 318 2.2e-70 237.8 Core-2/I-Branching enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922939.1
AACACCAAAATGTGGAAAAGTTTGAAAAATGAAGACTGAGTTCTATTTATTGACTAATCCTAATCGATTTAAAAATTGGTGCGTAATTTCCAATACCAACAAAACAAAAAACACTGATCTCAAACGAAATCTTCGCCTCCTGTCGATCAATTCAATTTTCCCACAGCAACACTTCACCTACTCCTTCCCTTCCCTTCCCTTCCTCTTCTAATCCAAGCTTCTTTCTCTCAAATTTCGCCATTTTTTCTCCCAAAATCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997577
ATGAAACGAGCTCATATAAACCGAAAATGCTCATTGCCCCTAATTTTCGTGTCCATTTCAGCCCTTATACTGATCTTCATCTCTATTCTATCCCACCTCAAACCCAATCATTCTTCCTTCCCGACCTCCATCTCGGTCGACTCGGATTCCTCAGACTTACCCGAATTGCCGCGATTCGCCTACTTCATTTCGGGTACAAGCGGCGACGGCGAGAGGCTGAGGCGGCTGCTTCAGGCGTCGTACCACCCGCGGAATTACTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778922.1
MKRAHINRKCSLPLIFVSISALILIFISILSHLKPNHSSFPTSISVDSDSSDLPELPRFAYFISGTSGDGERLRRLLQASYHPRNYYLLHLDLEASDSERLELAKYVKSAAVIRSFKNVMVMGKGDLVTPKGPTAMASTLHAIAVLLKQPKRWDWFVNLGASDYPLMPQDDLLHIFSYLPRDLNFLEHTSDFGWKEYQRTRPIIIDPGLYHSKKSGVFWAKEKRSLPASFKLFTGSAWVVLSRSFLEFCIWGWDNLPRTL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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