Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002988

染色体: Chr08 坐标: 29987810-29988361 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002988
名称SmilChr08G002988
描述uncharacterized SmilChr08G002988
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向29987810 - 29988361 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997585
GeneID130997585
locus_tag-
NCBI NameLOC130997585
原始查询SmilChr08G002988

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述forkhead box protein G1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818329]; symbol=AT2G37530; hit=AT2G37530; species=arabidopsis; confidence=medium
产物forkhead box protein G1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818329]; symbol=AT2G37530; hit=AT2G37530; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G37530 (AT2G37530)
forkhead box protein G1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818329]
identity=53.3; qcov=0.764; evalue=8.84e-33; confidence=medium
RiceOs12g0566600
-
identity=38.6; qcov=0.721; evalue=6.8e-16; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997585

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057778935.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.60000 XP_057778935.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.20000 XP_057778935.1
4 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.20000 XP_057778935.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778935.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:29988297 T TAG 2bp_insertion frameshift_variant 34 A16,B10,B102,B104,B11,B113,B119,B128,B130,B16,B51,B63,B71,B8,B81,B88,B89,C10,C14,C17,C23,C24,C28,C38,C51,C57,C58,C59,C83,D10,D11,D4,D7,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922952.1
GATTTTCATCCCTAAATTAGTTGAGATTAGGTCCTCCAATCCAATGATGCCAACCTCTCTCTCTATATCATTTCATTTCACTAATTTCCCATTAATTCCAACATCACGCAAAACTATGAGGTTCGATTTCATCCCCAACTCAGTTCTCCAAAGGCTGCCCGTGCTGCTCTACGCTGCCACGTGGACGACTATCCTCACCGTGACGGTGGCCGTGGCGTCCTTCACCCCGGAGATGGCGTTTGTTTCTGCCGTCAATCCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997585
ATGATGCCAACCTCTCTCTCTATATCATTTCATTTCACTAATTTCCCATTAATTCCAACATCACGCAAAACTATGAGGTTCGATTTCATCCCCAACTCAGTTCTCCAAAGGCTGCCCGTGCTGCTCTACGCTGCCACGTGGACGACTATCCTCACCGTGACGGTGGCCGTGGCGTCCTTCACCCCGGAGATGGCGTTTGTTTCTGCCGTCAATCCAACCTCTTCTTTATCGCTGGCGTGCGCCGCCTCCGTTAGGCTACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778935.1
MMPTSLSISFHFTNFPLIPTSRKTMRFDFIPNSVLQRLPVLLYAATWTTILTVTVAVASFTPEMAFVSAVNPTSSLSLACAASVRLPLDVPSHNFCFPPSLFKRSGIDIFVPPIFAAAIVASSACVVKAMGLWEAEDNHI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器