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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003015

染色体: Chr08 坐标: 30276889-30277928 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003015
名称SmilChr08G003015
描述uncharacterized SmilChr08G003015
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向30276889 - 30277928 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997615
GeneID130997615
locus_tag-
NCBI NameLOC130997615
原始查询SmilChr08G003015

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Plant protein 1589 of unknown function [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824690]; symbol=AT3G55240; hit=AT3G55240; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Plant protein 1589 of unknown function [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824690]; symbol=AT3G55240; hit=AT3G55240; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G55240 (AT3G55240)
Plant protein 1589 of unknown function [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824690]
identity=60; qcov=0.979; evalue=4.56e-37; confidence=medium
RiceOs05g0462000
-
identity=66.7; qcov=0.897; evalue=5.13e-36; confidence=medium
GOGO:0032502 (developmental process)
KEGG-
PfamPF09713 (A_thal_3526)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997615

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057778976.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057778976.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778976.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778976.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057778976.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:30277439 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr8:30277676 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B35,B44,B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778976.1
97 aa
N
1
48
97
A_thal_3526
C
PF09713 A_thal_3526 13-64 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778976.1 Pfam PF09713 A_thal_3526 Domain 13 64 4e-27 95.0 Plant protein 1589 of unknown function (A_thal_3526)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922993.1
AATCCCCTCGCAGCCAATCAGCAAGCATCTCCCACGTGGGGCTCTCGGCCCACAAGTTCCTGACATCACCTCCCTAATTTCTCTTTTTAAAGCCAAATAAACCGCATTTACAAAGGTGGTTGGGGTTTAAAACGGAGCATATATACTTACTCTTTCTAATCTGAATTATTGTCTTCTTTCTACATTCTCATTTCTCTACTTGTTGCTTTCGTCTTCTTGATTAATTCTCTCTCCCTACACATTTTCTGTTTGTTGATCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997615
ATGGCATCCGAATCCTCTGCACAGTACATCCACAAGATACAACACCTGATTGAAGAGTGCATAGTATTCAACTTGAACAAAGAGGAATGCATGGATGCTCTCTCCAAACATGCAAATATCAAGCCTGTTATTACTTCTACCGTGTGGAAGGAGCTGGAGAAAGAGAACAAGGAGTTCTTCGAGGCATACGCGAAGCGAAGAGAAGAAAGAGGCGCATCACAAACTGAGACAAGTGAAAGAATCCACACTACACTTTTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778976.1
MASESSAQYIHKIQHLIEECIVFNLNKEECMDALSKHANIKPVITSTVWKELEKENKEFFEAYAKRREERGASQTETSERIHTTLLDSSKKDDNNGQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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